古代维吾尔语起先用突厥文拼写，后来用粟特文改进的回鹘文来拼写，之后用阿拉伯文为基础的古代维吾尔文来拼写(哈卡尼亚文)，再后来用察合台文来拼写，公元九—十世纪后，改用阿拉伯文字母为基础的维吾尔文来拼写。新中国成立后，曾改用斯拉夫字母拼写。1970年代， 中国国务院曾为新疆的维吾尔族创制拉丁字母维吾尔文字维吾尔文字。现代维吾尔文的改革最近的一次是在1983年，使用的文字是以阿拉伯字母为基础的书写体系。现行维吾尔文有8个元音字母，24个辅音字母，自右向左横写。用来书写现代维吾尔文学语言，即业经规范的书面语。每个字母按出现在词首、词中、词末的位置有不同的形式。有些字母只有单式和末式。有些字母所带的符号除作独立形式和词首形式的标志外，还起隔音的作用。32个字母实际共有126种写法。词根上的语音变化、附加成分与词干在元音和辅音上的和谐都在文字上有所反映，同一个词根往往有不同的书写形式，同一个附加成分往往有几种变体。
维吾尔语分中心、和田、罗布三个方言，而罗布方言由于人口不断减少，正步入衰亡。维吾尔民族在5世纪到10世纪和15世纪到16世纪使用过粟特字母，8世纪曾用过突厥如尼文，10世纪-18世纪曾经广泛用过回鹘文字母。当伊斯兰教传入后，改用阿拉伯字母至今，现成老维文（维文缩写为UEY，UyghurErebYéziqi）。1949年中国共产党曾改用西里尔字母拼写，但随着中苏关系的破裂于1959年流产。1959年冬天，中国国务院为新疆的维族创制以汉语拼音为基础的拉丁字母维吾尔文字，简称新维文（维文缩写为UPNY，UyghurPinyinYéziqi）。1982年9月（新疆维吾尔自治区文档No.XH-1982-283），自治区又恢复使用以阿拉伯字母为基础的老维文，并对其进一步完善。为了规范维文拉丁转写，以及在计算机上的使用，新疆大学于2000年开始推行一种新的拉丁维文（维文缩写为ULY，UyghurLatinYéziqi），并被自治区定为官方文字。现在中国境内的维吾尔语使用的文字是以阿拉伯字母为基础的老维文（UEY）和拉丁字母为基础的拉丁维文（ULY），而在原苏联境内的维吾尔则使用以西里尔字母为基础的西里尔维文（USY）。 根据语言学家分析，维吾尔语跟乌兹别克语非常相似，因此，有人认为应该把两种语种合并。但目前普遍仍然主张把两者分开。