“门巴”，原是藏族对他们的称呼，现在成为门巴族的自称，意思是居住在门隅的人。居住在不同地域的门巴人还各有不同的自称。1964年，中华人民共和国国务院正式确认门巴族是单一民族。门巴族居住的地区，很早就属于中国西藏的一部分。但由于地处边陲，高山阻隔，门巴族和这片美丽的土地在历史上长期以来鲜为人知。加之没有自己的文字，门巴族漫长的民族发展史没有被记录下来。今天，我们仅能从门巴族丰富的神话与传说以及藏文文献中去探知门巴族族源和民族形成的历史。这些传说和史料记载，大致廓清了门巴族的族源，即门巴族是由门隅地区的原始土著群体与周围地区原始人类群体逐步融合而来的。
经过漫长的历史过程，大约在7世纪吐蕃王朝统一西藏各部之前，门巴族已经形成，生息并开发着西藏南部称为“门”地的广大山区了。公元823年设立于西藏拉萨大昭寺前的甥舅和盟碑记载：“孟族”等族向吐蕃王朝“争相朝贡，俯首听命”。这个孟族，即包括门巴族。1346年的藏文史籍《红史》也有记载，早在松赞干布时代“南自珞与门……等均置于吐蕃统治之下”。此后，吐蕃和门巴等族人民的交往不断加深。吐蕃王朝的南部疆域包括门隅地区，门巴族成为王朝的属民。当时门巴族地区由吐蕃王朝派藏族官员统治，由没庐氏、琼氏、嘎尔氏、努氏及年氏等所谓“古、久等部”在此为官。
13世纪，门隅作为西藏的一部分正式归入中国的版图，14至15世纪，这里是帕竹噶举派的世袭领地。17世纪中叶，五世达赖喇嘛阿旺罗桑加措派弟子高僧梅惹喇嘛洛卓嘉措（门巴族）同错那宗官员到门隅弘扬黄教，建立宗本衙门，扩建达旺寺，与当地土王征收赋税，派乌拉等，开始了政教合一的统治。其后，西藏地方政府陆续按照西藏的行政区划制度，把门隅地区划分为32个“错”、“定”（“错”相当于乡一级政权）。并在这里实行“僧差”制度（即有三个儿子的，第二子入寺为僧；有两个儿子的，幼子为僧），征收赋税，支派“乌拉”。所派官吏，清查户口，行使司法权力，讨伐叛乱，防守边疆，实行各种形式的有效管辖。六世达赖仓史嘉措就出生在达旺寺附近的白卡村，历代西藏地方政府对他的家属颁封文书，加以保护和优待。
19世纪，清朝驻藏大臣和西藏地方政府为加强对门隅的统治，在门隅的首府达旺建立了名为“达旺细哲”的行政管理委员会，由达旺寺两名代表和两名“拉业”（管事）共同组成，负责管理门隅地区的日常政教事务。“达旺细哲”之上设有名为“达旺住哲”的高一级非常设行政会议，由“达旺细哲”四人和错那宗僧俗宗本六人共同组成，负责制定有关的法律、制度和处理重大的行政、宗教、边境事务。西藏地方政府每年派专人到门隅征收、征购大米，专营该区盐米等经济贸易。
19世纪下半叶到20世纪初，英帝国主义不断侵犯中国西南边疆。1914年西姆拉会议期间，英帝国主义背着中国政府阴谋炮制了非法的“麦克马洪线”，私自将门隅、珞渝和下察隅等共9万平方公里的中国领土划归英属印度。对此，历届中国中央政府从未予以承认。1944年，英帝国主义公然武装入侵中国达旺地区，在此构筑工事，设立哨所，激起门巴族、藏族人民的反对，西藏地方政府亦提出强烈抗议，迫使英军撤到色拉山以南。
1947年，英国势力撤走后，印度继续控制色拉山以南的大部分地区。1951年，西藏和平解放后，印度又陆续占领了除勒布四“错”以外的整个门隅及珞渝、下察隅的大部分地方。富于斗争传统的门巴族人民，为保卫祖国边疆的神圣领土，进行了长期不懈的斗争，做出了重大贡献。