土族基本上全民信仰藏传佛教。早期的土族，主要信仰原始的萨满教。元末明初，藏传佛教传入土族地区并得到迅速发展，特别是藏传佛教格鲁派的发展尤为迅速，土族地区出现了许多格鲁派寺院，主要有：互助的佑宁寺、华严寺、金刚寺、曼头寺、章嘉寺、天门寺、松番寺、曲隆寺、吉藏寺、却藏寺，大通的广惠寺、平安寺、松布尕寺、祁家寺、诺木齐寺，民和的朱家寺、文家寺、卡的喀寺、赵木川寺、白家寺、赵家寺，乐都的金角寺、扎的寺、山城沟寺，同仁的吴屯寺、年都乎寺和甘肃天祝的天堂寺等，其中以佑宁寺最大，号称＂湟北诸寺之母＂(青海湟水北部地区)。
土族人民在信仰藏传佛教的同时，还保留有早期萨满教的许多成分。青海土族地区的大部分村落都有崩康(意为十万佛)、敖包(嘛尼堆)、苏克斗(意为挡雹阵)，其主要作用是保佑地方平安，风调雨顺，抵挡冰雹灾害。