公元前60年，塔吉克族祖先——帕米尔东部的东伊朗语部落，归汉朝西域都护管辖。
公元2、3世纪—8世纪，塔吉克族在塔什库尔干一带建立了蝎盘陀国，曾经强盛一时。
公元1757年，清朝政府平定了准噶尔贵族的叛乱，1759年又平定了大小和卓之乱，在新疆实行军府制度，塔吉克族聚居的塔什库尔干地区为色勒库尔回庄，归叶尔羌办事大臣管辖。
1833年到1836年，塔吉克族人民英勇抗击浩罕汗国对色勒库尔的侵略。
1879年8月，塔吉克族人民协同刘锦棠部，粉碎进攻塔什库尔干的阿古柏残部。
1902年，即光绪二十八年，清朝在塔吉克族聚居区的塔什库尔干设蒲犁分防通判厅。
1950年成立了塔什库尔干县人民政府，1954年实行民族区域自治，成立了塔什库尔干塔吉克族自治县，在其余各县塔吉克人聚居区成立了塔吉克族民族自治乡。