能歌善舞的塔吉克人，享有“世界屋脊居民”、“高山之鹰”、“云彩上的人家”的美誉。塔吉克族人口虽少，却历史文化悠久。
“塔吉克”是本民族的自称，据民间传说，该词的原意为“王冠”。对它来源与含意，研究者至今的看法仍不统一。一种较有代表性的看法是：“塔吉克”最初来源于伊拉克地区古代阿拉伯部落的名称“塔伊”，后来被东方各国用来泛称阿拉伯人。在我国汉文史籍中译作“大食”。10世纪前后，“塔伊”又演变成伊朗人称呼伊斯兰教徒的名称“塔吉”。11世纪，“塔吉”一词传到中亚操突厥语的游牧部落中，他们又把中亚操伊朗语，信仰伊斯兰教的定居居民称为“塔吉克”。以后，“塔吉克”就成了民族的名称。
由于地理环境的不同和语言的差别，使塔吉克人分为现在的平原塔吉克和高山塔吉克。平原塔吉克人数众多，他们生活在塔吉克斯坦和阿富汗；高山塔吉克主要指帕米尔高原和兴都库什山脉中生活的塔吉克。中国塔吉克族属高山塔吉克，其祖先自古以来就生息繁衍在这块土地上，史书称之为“色勒库尔”塔吉克，“色勒”意为头，“库尔”是山，“色勒库尔”即“山头”、“高原”之意。从16世纪开始，帕米尔西部和南部的什克南、瓦罕等地的一些塔吉克人，因不堪原居住地统治者的残酷压迫，东迁至塔什库尔干、叶城 、皮山等地。这一迁徙过程持续到19世纪。从什克南和瓦罕等地迁来的塔吉克人，因为语言和风俗习惯等方面与当地塔吉克人基本相同或比较接近，所以很快融为一体。与此同时，这一时期还有少数居住在色勒库尔的维吾尔族和柯尔克孜族人融合进塔吉克人之中。18世纪末到19世纪初，为逃避寇乱，许多塔吉克族人从色勒库尔及瓦罕等地迁往离边境较远的莎车、泽普、叶城等县。在当地维吾尔族生产方式的影响下，迁来的塔吉克族逐步开始开荒种地，从事农业生产。他们由于长期和维吾尔族人民亲密地生活在一起，互相影响，因而在政治、经济、文化生活诸多方面，逐渐和维吾尔族趋于一致，并且普遍采用了维吾尔族的语言文字。因此，这部分塔吉克族人与居住在塔什库尔干塔吉克自治县的塔吉克族人在文化、习俗上都存在一定的差异。
公元前60年（西汉神爵二年），汉朝政府在新疆设置“西域都护”。帕米尔东部的各伊朗语部落与中央王朝确立了行政上的从属关系。在张骞通西域之后，前往大月氏、安息等国的汉朝使节和商人不断经过帕米尔地区，帕米尔成为古代“丝绸之路”上东西交通的必经之地，使得塔吉克族和汉族等兄弟民族之间在经济、文化等方面的交流也越来越频繁，促进了塔吉克族古代社会的发展。
公元二三世纪，生活在帕米尔高原的大小部落建立了朅盘陀国。“朅盘陀”一词为东伊朗语，意为山路或山间平地。朅盘陀地处中亚、西亚、印度丝绸之路的孔道关隘，对东西方的经济和文化交流起着桥梁作用。僧人法显、宋云、玄奘等均到过朅盘陀。朅盘陀国继承并发展了汉代葱岭各部同中原地区的密切关系。
唐朝时，将朅盘陀称为葱岭国，属安西都护府管辖。唐开元中（约在公元713～729年间），由于吐蕃在南疆一带骚扰，朅盘陀王裴星带一部分族人离开原区，归附吐蕃，存在了500多年的朅盘陀国灭亡。唐朝开始在此设“葱岭守捉”，从此，“葱岭守捉”对西部要塞实行有效的管辖。
唐以后的一段时间，中国处于封建割据。这时，西域建立了喀拉汗王朝，到1124年又建立了西辽王朝，塔吉克族聚居的地区成为西辽的疆域。公元1218年，成吉思汗派大将哲别追击乃蛮屈出律于塔什库尔干时，当地地名已称色勒库尔。以后这里属蒙古察合台后王封地。明朝时，色勒库尔成为叶尔羌汗国的一部分。
清顺治十七年（公元1660年），这一地区归准噶尔汗国管辖。乾隆二十四年（公元1759年），清朝平定了准噶尔贵族和大小和卓的叛乱，在伊犁设置了将军府，在喀什噶尔设参赞大臣，在叶尔羌设办事大臣，并把这一带的塔吉克族聚居区划分为叶尔羌的一个庄——色勒库尔回庄（包括苏满塔什一地）。色勒库尔回庄属叶尔羌办事大臣管辖，实行伯克制度。这些伯克都是由本民族人担任，掌管地方政务。各级伯克因职务不同，名称各异，阿奇木伯克总理政务，其下有分管田粮、税务、诉讼、水利等名目的伯克。头几任阿奇木伯克都是塔吉克族中的贵族、宗教头目色依提沙利的后代，由清朝任命。19世纪初以后，由叶尔羌办事大臣分别委派本民族其他上层分子担任。色勒库尔回庄建立以后，加强了塔吉克族地区同中央以及南疆各城之间的联系，密切了同各兄弟民族之间的经济文化交流。从这时开始，财政统一于中央，纳赋税黄金27两7钱。由朝廷按季发给伯克养廉费。
18世纪时，帕米尔附近的浩罕国等部多次骚扰和掠夺色勒库尔地区。1836年冬，浩罕侵略军进犯色勒库尔，阿奇木伯克库尔察克率众浴血抵抗，英雄战死，城池失守。半年后，当地群众和官吏设计活捉了窃据色勒库尔的浩罕头目，其余残匪溃逃，色勒库尔城光复。为此，清朝政府嘉奖了有功人民，并减免当地群众赋税。这是塔吉克族人民为保卫祖国疆土做出的重大贡献。至今，库尔察克的光辉业绩仍为帕米尔高原上的广大人民所传颂。
1865年，浩罕军官阿古柏入侵新疆，建立了侵略政权哲德沙尔（七城）汗国。阿古柏派爪牙阿山夏“镇抚”色勒库尔，对塔吉克人民进行严密防范和残酷镇压。1877年，清朝政府派左宗棠出兵收复新疆。原色勒库尔回庄阿奇木伯克艾里布，利用清军胜利的声势和塔吉克人民驱逐侵略者的要求，杀死阿山夏，收复色勒库尔。清朝政府赏给艾里布蓝翎五品顶戴，管辖19处塔吉克族乡村（原色勒库尔回庄辖地），并兼管色勒库尔西北九处柯尔克孜族游牧地。1899年夏秋之际，在边境一带流窜的阿古柏残部3000多人又进攻色勒库尔，妄想夺取此地作为重新侵扰新疆的根据地。守城的塔吉克军民坚决抵抗，击毙匪首。继之，配合清军，全歼匪军。英雄的塔吉克族人民又一次为保卫祖国边疆做出了重大贡献 1884年新疆建省后，色勒库尔作为边防要塞，清政府在此设立了抚辑粮运局（后改为转运抚辑局），负责管理地方等工作，由喀什提督和喀什道台委托清军中的旗官一名管理局务。到1902年，改由莎车府分设“蒲犁分防通判厅”，委派由内地来的“流官”担任分防通判。1911年辛亥革命后，改为蒲犁县，划归喀什道管辖，蒲犁厅（局）下辖27个庄，每庄由分防通判（后来由县长）委派当地上层分子一人担任“乡约”管理全庄。
1891～1894年，沙俄通过种种卑劣手段，勾结英国，企图瓜分中国帕米尔，并把魔爪伸向塔什库尔干。世代居住在这里的塔吉克族人民为防御俄英帝国主义的继续入侵，发扬爱国主义精神和保卫边疆的光荣传统，应募组成“色勒库尔绥远回队”。由驻防当地的马队旗官兼任管带，阿奇木伯克兼任总哨，负责保卫地方。还有许多塔吉克牧民自愿迁往热斯坎木和明铁盖等边境要地，长期参加“垦牧守边”，担任边防重任。1904年，蒲犁分防通判为了保持对色勒库尔的管辖，将小同庄居民40多户划拨给阿奇木伯克，充当“羊契”。1925年小同庄的塔吉克族“羊契”联合起来要求废除无偿劳役，恢复自由。各乡的塔吉克族人民起来支持，并反对继续保留阿奇木伯克。迫于群众的压力，政府在1926年下令永远禁革“阿奇木”，废除“羊契”制度。1933年11月，英帝国主义者直接指使其走狗沙比提大毛拉等，在喀什一带建立了所谓的“东土耳其斯坦伊斯兰教共和国”，并侵入蒲犁对人民实行中世纪式的黑暗统治。塔吉克人民展开了反对分裂祖国的斗争，为摧毁“东土耳其斯坦伊斯兰教共和国”出力。不久，在中亚一带流窜的玉素甫江匪帮侵入蒲犁，塔吉克族牧民集合埋伏在明铁盖附近，攻其不备，击溃了这股凶恶的惯匪，夺回了数以千计的牛羊，为保卫边境贡献了力量。
1938年，中国共产党在新疆的代表向当时的新疆省政府建议，为巩固抗日战争的大后方，必须制止帝国主义在新疆土地上的非法活动。于是，1938年至1940年间，胡鉴等两位中共党员来到塔吉克牧区工作，分别担任蒲犁县县长和边防大队队长，领导塔吉克族人民开展反帝斗争，发展经济文化，改善人民生活，给这个地区留下深刻的革命影响。共产党人担任边防大队领导以后，首先驱逐了当地的间谍头子英国商总和所谓“宗教领事”（孔苏拉提）等帝国主义分子，整顿了防务，并且采取了严禁走私、逮捕越境的外国特务、限制英国“侨民”和领事馆“使差”到处活动等一系列措施，使塔吉克族人民的反帝斗争得到有力支持，粉碎了帝国主义妄图分裂中国的阴谋。1942年，盛世才彻底变脸之后，共产党人被迫离开，新疆的民族矛盾和阶级矛盾日趋尖锐。1945年8月22日，塔吉克和柯尔克孜两族人民掀起了蒲犁革命，有力地配合了三区革命斗争。1952年，中华人民共和国中央人民政府颁布了《中华人民共和国民族区域自治实施纲要》。当时塔什库尔干居住着塔吉克、柯尔克孜、维吾尔、汉等六个民族。其中塔吉克民族约60%都在此居住，占塔什库尔干人口约78.1%。1954年6月，塔什库尔干县首届人民代表大会正式开幕，会议根据塔什库尔干的实际情况，依据《中华人民共和国民族区域自治实施纲要》的有关条文，通过了关于成立相当县级的塔什库尔干塔吉克自治区的决议，同时建立了自治区筹备委员会。1954年9月11日，塔什库尔干召开第一届人大二次会议，宣布了塔什库尔干塔吉克自治区的成立。在参加这次会议的代表中，塔吉克族代表占代表总数的83%。9月18日，召开自治地方成立庆祝大会。1955年，改自治区为自治县。1958年，中国人民解放军修通了喀什——塔什库尔干公路，冰雪山乡有了汽车喇叭声，塔吉克族人民千百年来向往着“像鹰一样往来无阻”的愿望终于实现。自古以来，天山以南地区各族人民就通过红其拉甫山口、明铁盖达坂与邻近的中亚、南亚进行边境小额易货贸易。1978年6月，喀喇昆仑公路全线竣工，成为中国、巴基斯坦两国的重要通道。1986年5月，红其拉甫口岸正式向第三国开放，塔什库尔干县已成为中国西部通向中亚、南亚和中东的一个重镇，边境贸易日益繁盛起来。