水族自称“虽”（sui）。汉称为“水”，是自称的音译。汉译的称呼，最先见于明代，王守仁在《月潭寺公馆记》中称为“”。
族源：秦汉以前，岭南一带聚居着许多部落，如“西瓯越”、“南越”、“骆越”等，与东南沿海的其它诸越统称为“百越”。从历史发展的某些迹象和语言及文化生活特点等方面考察，水族是由“骆越”的一支发展起来的。根据水族民间歌谣的叙述：他们的祖先原来居住在邕江流域一带的“岜虽山”，后来由于战争的影响，水族古代先民离开邕江流域，经今河池、南丹一带沿龙江溯流而上，往今黔、桂边境迁移，从此开始从骆越的母体中分离出来，逐渐向单一民族发展。
一九五六年确定族称为“水族”。