水族的远祖是古代“百越”的一支。水族与古代“骆越”族有历史渊源，是其中一只发展起来的。早在秦汉以前，岭南地区以及东南沿海一带就居住着许多部落，公元前214年，秦朝统一了岭南，水族先民逐渐向北往黔桂边境迁移；隋唐时统称“溪峒蛮”；唐宋时与壮侗各民族一起被统称为“獠”；宋代在该处设置“抚水州”，被通称“抚水蛮”；州这一地名暗示以“水”为自称的人群已经形成。13世纪中期，有大规模的汉族人移到此处；13-17世纪，又有大量的汉族士兵被调到此处戍守，设屯安家，他们的后代也逐渐融合于水族。
“水族”之称，最早见于明代史籍。清代，多称其为“水苗家”、“水家”等。新中国成立后，水族被正式定名。
在中国近代史上，水族人民谱写了光辉篇章。1855年10月，潘新简领导水族人民武装起义，提出“不缴粮，不纳税，打倒清朝享太平”的响亮口号，坚持斗争16年之久，配合了太平天国斗争。1909年，吴朝俊领导水、布依、苗等民族起义，提出“灭洋兴汉”，进行反洋和反帝反封建斗争，在全国产生重要影响。新民主主义革命时期，水族人民的优秀儿子邓恩铭是中共一大代表中唯一的少数民族同志。抗日战争时期和解放战争时期，水族人民也积极参加了当地中共地下党组织所领导的斗争。