1956年在丽江县木家桥发现了“丽江人”化石，考古的结果是在5——10万年前丽江就有了人类活动。“丽江人”属于更新世晚期的“智人”阶段。后来在永宁泸沽湖畔又发现了距今2000——3000年前的“泸沽湖人”。由此可以认定在这块巍巍雪山、滔滔江河纵横贯穿的土地上早就有人类在此繁衍生息、披荆斩棘，揭开了人类开拓丽江的序幕，同时左证了纳西族中有土著融合的说法。
秦汉至魏晋，纳西族先民已经迁徙到了大渡河、雅砻江流域，生产形态上以游牧、畜牧为主；经济上出现了盐、铁、漆、铜的冶炼生产；政治上阶级分化，酋长出现；宗教上已有东巴原始宗教的萌芽。
唐朝时，纳西先民中的一部分挟游牧民族之虎虎生气，沿雅砻江南下，跨过金沙江，逐濮繲蛮，抵达今丽江县。随后又挥师南下，抵达现宾川境内，建立了纳西族历史上第一个政权——越析诏国。史称越析诏“地最广、兵最强，素为南诏忌”。越析诏为时不长被南诏所灭，纳西先民南下步伐由此停止。越析诏的灭亡有两个原因：一是政治上唐王朝扶持南诏，以制衡吐蕃所造成的，六诏的统一也是大势所趋，越析诏的灭亡在情理当中；二是经济上纳西先民当时仍处于游牧生活向农耕过渡阶段，经济形态的不稳定，导致了政治上的动乱。
此后，纳西先民退缩回金沙江中游流域，500多年来一直没有建立过独立的政权，在唐王朝、南诏、吐蕃三大强势的夹缝间苦苦周旋，艰难生存，并付出了惨重的历史代价。唐天宝年间，南诏与吐蕃发生神川铁桥大战，神川铁桥在今丽江塔城。战争结果是吐蕃大败，依附于吐蕃的麽些近万余户强行发配至今昆明、楚雄禄丰、玉溪等滇中一带。《蛮书》有载：“南诏既袭破铁桥及昆池等诸城，凡虏获万余户，尽分隶昆川左右，及西爨故地”。自此，纳西族人口锐减，元气大伤，一直没有建立起自己独立的民族政权。但这种特殊的历史生境铸注了纳西族深沉坚韧、灵活机动的民族特性，同时，纳西族的文化受到这三大文化圈的润泽，以东巴文化为代表的民族文化由此滥觞。
一直到宋代，纳西先民的政治环境才有所改善：北部的吐蕃王朝因内乱而分崩离析；南诏也陷入了政权更迭频繁的混乱之中；而东边的宋王朝也穷于应付日渐崛起的辽金北方游牧民族，无力经略西南。“故自南诏以后，麽些之境，大理不能有，吐蕃不能至，宋亦弃其地，成瓯脱之疆，经三百五十年之久”。纳西族由此获得了一个难得的独立发展时机。在社会经济生产获得充分发展的同时（农耕文明已取代半耕半牧的生产状态），政治上分散的麽些部落渐趋统一，出现蒙醋醋这样的首领；文化上东巴文化体系逐渐宏大完善。
13世纪初，另一支北方游牧民族沿着当年纳西先民的迁徙路线翻山越岭，跋涉2000余里，跨囊渡江，突然出现在丽江境内，这就是历史上的“元跨革囊”。元军平定云南，统一全国，给在玉壁金川间沉寂了近五百年的纳西族带来了强烈的冲击，同时也提供了千载未遇的历史机遇：公元1276年，元在丽江设置了丽江路，设军民总管府，后改置宣慰司，统领一府七州一县。由纳西族首领阿良任总职，并允许其世袭。木氏势力由此发轫。这样丽江第一次纳入中央王朝的版图，极大地提高了纳西族在周边民族中的政治地位。同时，元军翦除了吐蕃、大理两大势力对丽江的威慑，使纳西族有了一个从容不迫、独立自主的发展空间。纳西先民各部落也在这一时期走向了统一，形成了独立的民族，从而开始了一场宏大的民族文化体系的构建。纳西族在吸收白、藏民族的文化精华时，也接受了中原汉文化的润泽。
如果说当初阿良归附元朝是强势所迫，那么，100多年后，当蓝玉、沐英率30万明军打败元军，攻入云南时，阿良的后裔阿得是主动“率众归附”，并随明军征讨边疆，屡立战功，深得明太祖朱元璋嘉许，亲赐阿得“木”姓，允其世袭丽江府知府，予以扶持政策。明王朝的这种扶持政策有其深刻的历史背景，当时沉寂了一百多年的西藏势力又趋强盛，时常侵扰明朝边境，由此明王朝大力扶持木氏势力，视木氏国“辑宁边境”的重要力量。木氏土司挟王朝之威，养兵蓄锐，频繁向藏区用兵。向朝廷邀功献宠的同时，借机扩大自己的势力，使木氏土司“土地广大”、“传世最远”、“富冠诸土郡”（《徐霞客游记·滇游日记》）并拥有了“知诗书、好礼义”的美名（《明史·云南土司传》）。“宫室之丽，拟于王者”的知府衙署建筑群拔地而起，木氏作家群也名声鹊起。“纳西族从历史上处于被动地位成为主动进取的角色，在历史进程中产生了应有的影响”。
清代以降，木氏势力渐趋衰微。主要原因是西藏又一次纳入中央王朝辖治的版图，使丽江失去了“西北藩篱”的政治区位优势，且木氏土司把持的庄园领主经济渐已成为阻碍生产力发展的消极因素。
1723年丽江实行改土归流，木氏土司此后一蹶不振。受益的是丽江地方经济，原封建领主制废除后，丽江的地主经济得到迅速发展，手工业也渐趋繁盛，丽江古城的格局最终形成，成为纳西族地区政治、经济、文化中心。纳西族文化也从平民文化向高雅文化转型过渡。但“改土归流”在实施过程中对待民族文化方面有同化政策过头的负面影响。突出的两个例子是东巴教急剧萎缩到偏远山区，且日渐势微；殉情现象由此大量蔓延，丽江被外人称为“殉情之都”。
19世纪中叶鸦片战争以后，外强的入侵，国内矛盾日益加剧，使清王朝在风雨飘摇中日渐沦为半殖民地半封建社会。纳西族地区也进入了社会动荡时期，此间以丽江人俗称“乱世十八年”尤为惨烈。清咸丰、同治年间，大理杜文秀起义涉及丽江，进行了长达18年拉锯战，丽江损失惨重。张星源先生的《丽江史略》有载：“道光年间（1821—1850年）户口下6405户，男妇大小3128276个光绪朝户口15152、男女大小46456个，较之道光朝减户口五分之四，人丁八分之一，咸同回汉歼杀之残酷可知也”。
辛亥革命时纳西族人民积极响应，宣布脱离清政府统治，并参加了护国运动等反帝反封建运动；抗日战争中纳西族为国捐躯者达400多人。因当时大陆交通线被日军切断，后期缅甸失陷，中国的陆路交通线只余昆明——大理——丽江——拉萨——尼泊尔——印度这一条。丽江成为重要中转站，丽江的商业、文化、教育由此盛极一时，丽江古城一时呈现出“繁荣之象略胜于大理”的情况。这一时期以丽江古城为中心的纳西族地区出现了资本主义商品经济。
1949年丽江解放后，丽江的纳西族地区历史性地跨越进了社会主义，纳西族的历史由此进入一个新的历史纪元。
从1856年杜文秀起义到二十一世纪2006年的150年的历史中，藏在喜玛拉雅山脉深处的纳西族地区也经历了这场“千年未遇之大变”。由此带来的社会大动荡、大变革带来的影响是巨大的：一方面给纳西族地区造成了巨大的社会创伤；另一方面随着国门的洞开，近现代文明也传播渗透进来，促使纳西族地区的政治、经济、文化发生着深刻的变化。纳西族在继续吸纳周边民族、中原文明的同时，也开始吸纳西方先进文化。这样一方面促进了纳西族地区的历史进程，一方面使自己的民族文化特质得到显彰；也是在这一时期，纳西文化引起国内外瞩目，纳西学也由此发轫。从整个纳西族的总体历史来看，这一时期纳西族历史变革之频繁、程度之深，影响之远，皆为前所未有。特选辑代表性历史大事以志其史：
1、1856年 杜文秀起义波及丽江，由此开始了18年的战乱，民间称之为“乱世十八年”，丽江损失惨重，宏大的木府建筑群遭到焚毁之劫难。
2、1905年 丽江办第一所高小。同年周冠南留学日本。
3、1906年 兴办丽江府中学堂。
4、1907年 全国第一张白话报——《丽江白话报》在丽江创刊。
5、1923年 方国瑜、和志钧、和志坚、李寒谷、唐江、李群杰等先后到北平、广州读书。洛克以美国农业部特派员的身份进入丽江，开始了长达26年的纳西文化研究，后被誉为“西方纳西学之父”。
6、1933年 方国瑜撰写《纳西象形文字谱》，开创国内研究东巴文之先河。
7、1936年 红二方面军长征经过丽江，共产党宣传的政策深入人心。
8、1940年 李霖灿到达丽江开始研究纳西文化，后成为国内著名纳西学学者，身前曾任台湾故宫博物院副院长，83岁时曾寄来白发，要求埋在玉龙雪山下。先生生于河南，但一直自称是“丽江人”。
9、1949年 7月1日丽江解放，纳西族地区由此进入了一个历史新纪元。
10、1961年 4月10日丽江纳西族自治县成立，是全国唯一一个纳西族自治县。
11、1966年 “文化大革命”开始，民族传统文化遭遇浩劫。
12、1972年 丽江专区改为丽江地区，迪庆、怒江成立自治州。
13、1981年 丽江成立云南省社会科学院东巴文化研究室。
14、1985年 丽江白沙束河人和志强当选为云南省副省长，1985—2001年任省长。12月23日，被誉为“南中泰斗、滇史巨擘”的纳西族著名史学家方国瑜去世。
15、1986年 丽江被列入全国历史文化名城。4月27日，纳西文化学会成立。
16、1987年 “三朵节”被定为纳西族民族节日。
17、1996年 2月3日，丽江发生里氏7级大地震，死309人，重伤4017人，直接经济损失达45亿元，受到国内外有关部门及人士的大力援助。
18、1997年 12月14日，丽江古城申报世界文化遗产获得成功，丽江古城成为中国第一座列入世界文化遗产的古城。
19、1999年 丽江成功举办第一届丽江国际东巴艺术节暨学术研讨会。
20、2003年 丽江撤地设市，丽江纳西族自治县分为玉龙纳西族自治县和丽江市古城区。第二届丽江国际东巴艺术节获得成功。三江并流、东巴古籍分别列入世界自然遗产、世界记忆遗产。
21、2006年 丽江市荣获中国魅力城市桂冠。