相传，苗族起源于5000多年前，居住于黄河中下游的“九黎”部落，后迁徙至长江中下游，形成三苗（三苗：古族名。）部落。在漫长的岁月中，苗族迁徙的足迹不仅遍布南中国的山山水水，而且漂洋过境，走向异域。如今越南、泰国、老挝以及欧洲、美洲等国家和地区，都有苗族人在生活。
苗族起源于黄帝时期的“九黎”，尧舜时期的“三苗”。当黄河下游和长江中下游一带出现蚩尤九黎部落集团时，在我国陕甘黄土高原上形成了炎帝神农氏和黄帝轩辕氏为首的两大部落集团，它们沿黄河南北由西向东发展，到达黄河中下游时，遇到了蚩尤九黎落集团，发生了战争。据《史记·五帝本纪》载：“轩辕之时……蚩尤最为暴，莫能伐……蚩尤作乱，不用帝命，于是黄帝乃征师诸侯，与蚩尤战于涿鹿之野，遂禽杀蚩尤。”“九黎”后退入长江中下游，形成“三苗”部落，又称为“有苗”或“苗民”。约在4000年前，以尧、舜、禹为首的北方华夏部落与“三苗”发生战争，“三苗”被击败。部落联盟分化瓦解，一部分可能留属原地，归附了夏王朝，其子孙后代有些沦为夏王朝奴隶主的奴隶。如《国语·周语》所载：“黎、苗之王，夏商之季，子孙为隶，不夷于民”。这部分三苗后裔后来逐渐同华夏族融合了，但三苗的大部分被迫离开江淮和洞庭、彭蠡之间的平原地带，被驱逐到“三危”，即今陕甘交界地带，后又离开“三危”向东南迁徙，经过很长时间逐步进入今川南、滇东北、黔西北等地，形成后来西部方言的苗族。
禹传位启后，建立了我国第一个奴隶制王朝--夏朝。在夏朝统治的500年间，再未见有关“三苗”和“有苗”的记载。至商、周之际，又出现了一个新的庞大的部落集团，这就是史书所载“荆蛮”，有时也被称为“南蛮”。所谓“蛮”，是古代北方人对南方民族和部落的称谓。同“三苗”、“有苗”比较起来，“蛮”是一个更大的概念，这时的“蛮”就包括了原来三苗的后裔。后来，“荆蛮”中先进部分逐渐发展成为楚族，建立了楚国；后进部分继续进入黔、湘、桂、川、鄂、豫诸省毗连的山区，成为今日东部、中部方言苗民的先民。
从商王朝起，就把“荆蛮”视为肘腋之患，不断以武力相持，“挞彼殷武”、“奋发荆楚”。代商而起的周王朝，对荆蛮也屡屡出兵攻击。在第二次南征时，战争十分激烈和残酷，最后昭王劲旅全军覆灭。
昭王不甘失败，在其末年的又一南征中，死于南国。周穆王即位后，对南方“荆蛮”继续进行了多次战争。此后，“荆蛮”势力受到削弱，被迫归顺周朝。至周厉王时，由于实行暴虐统治，国人暴动，周王朝受到打击。“荆蛮”的势力又得到恢复和发展，并乘机反抗。宣王即位后，再次发动了征伐＂荆蛮＂的大规模战争，取得胜利，“荆蛮”又归顺于周朝。
九黎、三苗、南蛮、荆蛮之间有着一脉相承的渊源关系，而且都包括苗族的先民。“荆蛮”是继三苗之后，苗族历史发展的又一个阶段。《日下旧闻考》卷二说：“画本以飞空走险”，是说蚩尤有翼能飞行。《山海经》说三苗首领也有翼能飞；又“西北海外黑水之北有人有翼的，名曰苗民……头生苗民”。兜是蚩尤的苗裔，他们不但有相同的图腾，而且都居住在我国东部，南蛮是三苗的一个支系，是被驱逐到长江以南地区的部分“三苗”的别称。而“荆楚”则是商、周时期对两湖地区这部分“南蛮”的称谓。
从史籍记载看，秦汉至南北朝期间，大部分苗族属于“武陵蛮”和“五溪蛮”。关于“武陵蛮”的记载，最早见于南北朝宋人范晔的《后汉书》。如其中《马援传》载：“武威将军刘尚击武陵五溪蛮”；《宋均传》载：“武陵蛮反，围武威将军刘尚”。这里所说的“武陵”，指的应是武陵郡，武陵郡始置于西汉初年，其前身为楚、秦的黔中郡。从现在的行政区划看，两汉时的武陵郡主要包括湖南常德地区、湘西土家族苗族自治州和怀化地区各县市，以及黔东、川东和鄂西土家族苗族自治州部分县市。这些地方，正是楚国时“群蛮”和“百濮”分布区，秦汉后仍聚居着大量的苗族和其他“蛮夷”，因皆属武陵郡，故以群为名，被统称为“武陵蛮”。所谓“五溪蛮”，则得名于武陵郡内的“五溪”。据北魏郦道元《水经注》(卷三十七)载：“武陵有五溪……夹溪悉是蛮左所居，故谓此蛮，五溪蛮也。”至于何谓“五溪”，历史上说法不一，但诸家都确定，五溪系指现今湖南省西部的沅水中上游及其几条主要支流。
苗族和瑶族是两个有着密切亲缘关系的民族。他们同属汉藏语系苗瑶语族，有着共同的关于盘瓠的传说和崇拜，以“盘瓠之后”相称。但从具体分布情况看却存在着地域上的差异：“武陵蛮”和“五溪蛮”主要是由苗族先民构成的，而瑶族的先民则多属“长沙蛮”。由于这种地域分布的差异，苗族和瑶族大概自两汉后开始分离，唐宋后则明显的形成了两个单一的民族。从汉文献的记载看，是“瑶”首先从“蛮”中分别开来。“苗”称的出现，最早是唐代。至宋代，“苗”已比较确定地成为单一民族的专称。
由于封建王朝不断的军事镇压，造成大批苗族流离失所，他们从武陵五溪地区由东而西，由北而南不断流徙。从路线看，一部分是从武陵山脉的北端向西，进入今贵州北部、中部、西北部和川南；一部分沿沅水而上，经湖南西南部，深入贵州东南、西南和广西境内。还有一部分先南下进入广西，再由广西溯都柳江北上徙入今贵州东南部和南部。有的经贵州、川南和桂北向各地迁徙，以至远达云南。
元明至清康熙中叶的400多年，大多数苗族地区已进入了封建社会的初步发展时期。在这一时期内，苗族继续从武陵五溪和爿羊爿可地区向西南迁徙，在由东到西的广阔地域逐渐形成了苗族的不同支系和方言区。从一些资料看，苗族进入贵州仍沿袭秦汉以来的三条路线：一是沿武陵山脉北端进入四川东南部，再进入贵州北部现今遵义地区，然后由遵义地区迁往贵州西部和西南部；二是溯沅水及其支流而上进入贵州东部，现今铜仁地区及玉屏、锦屏、黎平一线，再迁往镇远、施秉等地，进而远达黔南和黔西南；三是沿五溪支流由湖南入广西，再溯都柳江而上进入现今黔东南自治州各县。自唐宋以后，经过元明和清初数百年间的流动和迁徙，苗族的分布初步形成了这样的格局：现今的贵州省雷公山地区已成为苗族的主要聚居区；湖南省腊尔山区退居第二位；云南的苗族日益增多，至清初已大体相当于湖南；再其次分布在广西、广东、海南、四川、湖北等地。还有少数苗族开始进入今天的越南、老挝、缅甸等东南亚国家。
自秦汉以来苗族逐步进入阶级社会后，原始氏族制度逐步解体。但由于苗族的特殊历史发展原因，即不断的战争和迁徙，艰难的生活和残酷的斗争，使苗族的各个部分产生了强韧的内聚力。在原来的氏族部落制度的基础上产生和形成了各个不同的宗支。自清初以后，文献多以“白苗”、“花苗”、“青苗”、“黑苗”、“红苗”等作为苗族的主要支系。这种区分，主要是以服饰颜色为标志，虽然不够科学，但大致还是反映了苗族内部存在不同支系这一客观事实，并且约定俗成，有些称呼至今仍为苗族自己沿袭使用。由于长时期大幅度的迁徙流动，使各地苗族所处的自然条件不同，受其他民族的影响不同，从而导致了相互之间出现较大的差异，造成支系多，方言差别大，服饰类型多样化的现象。
1949年中华人民共和国成立，揭开了苗族历史新的一页。苗族社会发生了很大变化。在政治上实现了民族平等，实行区域自治。到1990年为止，先后和侗族、布依族、土家族、壮族成立了六个联合自治州，五个单一苗族自治县。苗族人民在党的领导下，为社会主义建设事业做出更大的贡献。