从清朝初年到鸦片战争发生的近百年间，仫佬族地区发生比较严重的自然灾害达二十多起，加之歉收年成及地方官吏的无限苛派，仫佬族和其他各族人民再无法生活下去了。连当时清朝统治阶级也不得不承认：“……庆远、思恩……等府，所属土司共45员，向因土官例不给俸，又无养廉，所以各司旧有田例之名，即系按田收租。其租银较民田加重，又有租外各项科派，土民剥削难堪，以致往往滋事”。各族人民的反抗统治阶级的压迫剥削的斗争，从清朝初年就已发生。据《罗城县志》载：
清顺治9年（1652），李定国部攻陷柳州、罗城、宜山等地，仫佬族人民纷纷起而响应。“顺治12年（1655）乙未11月，龙韬自称义宁伯，盘踞柳、庆二府，征收税粮，横肆劫掠。知县沈鸿儒，驻防副将沈邦清俱被害。清兵屡剿不克，遂攻陷柳州，留贼目贾昌全驻守，而其党周正登立巢天河、罗城交界之山海村。……居民逃散山谷，搜出杀之。不即出者，以烟火熏死。……顺治13年丙申、邑人都督温如珍，奉命剿龙韬，阵斩之，恢复柳庆。韬党周正登、龚瑞龙，初逃大榕江，至16年官兵始尽歼之”。
反抗斗争的声势浩大，横扫柳州庆远两府，持续五年之久。统治者费尽九牛二虎之力，损兵折将，最后虽把事情平息了，然而斗争并没有停息。雍正7年（1729），潘世亮又领导了仫佬族等各族人民的斗争，搞得统治者疲于奔命，措手不及。据史籍记载，乾隆4年（1739），“庆远府属白土、丘索二村土蛮覃奉恩等作乱，（右江道李）锡泰被檄督兵，分五路会剿。自与副将从中路进，乘夜攀涯，抵丘索，焚其巢，遂会各路兵攻克白土，擒奉恩等，凡七日而两寨平。捷闻，叙功第一……”。乾隆七年（1742），石金元又领导了罗城、融州等地的各族人民开展反抗斗争。道光元年（1821），天河爆发了余近忠、韦士诚领导的各族人民的反抗斗争。这些斗争，从清朝初年以后，一直没有停止过，有“武阳岗（今罗城地），三年必反乱一场”的说法。它有力地打击了清王朝的封建统治者。在这样的连绵不断的反抗斗争形势下，反动统治阶级为了维护其既得利益而拼命的进行反扑，采取“三年一小剿，五年一大剿”的残暴镇压手段。各族人民的反抗斗争虽然不可避免地陷于失败，但对社会的发展起到了积极推动作用。
鸦片战争的爆发，英帝国主义用大炮打开了中国的封建大门，一系列不平等条约的签订，巨大的战败赔款摊派，也压得广西各族人民喘不过气来。据光绪28年（1902）五、六月间广巡抚丁振铎奏称：“广西省此次奉派新约赔款每年30万两，加之补色汇费各项，共需银34万余两”。在当时人口少，生产收益低的情况下，这笔巨大的数字，以广西各族人民来说，自然是一个沉重负担。
生产和的进一步发展，促使了生产关系的进一步变化。农村中地主经济逐步发展起来使许多农民丧失土地而赤贫化。历史上推行的堡兵制度强占去的大片田地依然保留下来。据调查资料，清光绪30年（1904）以前，由小长安牛鼻河到东门、四把一带的几十公里路的地区，沿途凡是以堡为村名的地方，均有堡田，数量不少。堡目掌管堡田及征调堡丁服各种劳役大权，属于清王朝在仫佬族地区设置的基层统治者。后来有一部分人变成了地主阶级。堡丁的社会地位比农民低，按照封建统治者规定，堡丁不能参加科学考试，不能与一般农民通婚，喜庆会饮不能与一般农民共席。耕种的堡田可以不纳粮，但必须为官府服各种苦力劳役，如抬轿、挑担、供应马草、修筑城垣、道路等等，随征随到，不得延误。地位有如农奴身份，世代被束缚在土地上。另外，历史上遗留下来的各姓宗族的祠堂田、蒸尝田、庙田、社田等，仍然继续存在，但数量不多。这些田属于一姓一族公有的田地，由族长头人掌管，租给无地缺地农民耕种，每年收入租项，作为每年全姓族公共祭拜祠堂寺庙的开支。
整个看来，当时仫佬族地区土地占有情况，官田族田各占1/10左右。地主富农占有田3/10左右。农民占有田5/10左右，荒山岭地则属于各个村寨或族姓公有，每一家庭均可在那里垦植、放牧，不交租，谁种谁收。
统治阶级的剥削和掠夺有增无减，自然灾害也频繁降临。据有关地方志书记载，从道光23年（1843）到光绪29年（1903）的60年间，仫佬族地区发生的重大自然灾害达十四次之多，平均每四年多发生一次。其中旱灾二次。瘟疫病四次，地震二次，蝗灾一次。
广大农民无法生活，只好将仅有的一些土地抵押，变卖而丧失了生计，最后被迫到处逍荒流散。据光绪24年（1989）石门乡莫姓宗祠碑记载，这几十年间逃荒外地的户数达二百多户。鸦片战争失败以后的几十年间，在仫佬族地区的清朝地方官员，进一步与本地的地主豪绅勾结，加强了对仫佬族和其他兄弟民族的压迫。他们把清代初年推行的“有事为兵，无事为农”的堡兵（屯兵）制度，发展成为团甲制度，建立团练局，局以下设团，以五甲烟户为一团，设团总；团以下设甲，一甲十牌，一牌十户，设甲，牌长进行统治。在一牌之内的十户民家，必须得到牌长保结，上报团局否则被认为是不清之户。光绪22年（1896）。改设团防局。至光绪28年（1902），进一步成立联团局。