柯尔克孜族是中国的古老民族之一。汉文史籍首先著录柯尔克孜先民的是《史记》，称之为“鬲昆”。后来的史书又作“隔昆”。东西汉时期多称“坚昆”，魏晋至隋朝称“结骨”、“契骨”、“纥骨”、“护骨”，“黠戛斯”是唐时对柯尔克孜族的普遍称谓，宋、辽、金时期“辖戛斯”、“黠戛司”、“纥里迄斯”称之，蒙元时期一般称作“吉利吉思”、“乞儿吉思”，所有这些，都是“柯尔克孜”一词在清代以前各时期的汉语不同译音。清代沿用准噶尔蒙古对柯尔克孜族的称呼“布鲁特”，意为“高山居民”。民国初年，仍称“布鲁特”。1935年4月，柯尔克孜族作为该民族的正式名称，经由新疆省第二次民众代表大会通过。
关于柯尔克孜族的起源，中外史籍和柯尔克孜族的传说都有种种不同的说法。这些说法，大都由“柯尔克孜”一词的不同含义引申而出，或言历史起源，或言生活环境，或言形貌特征。流传较为广泛的传说有：“柯尔乌克孜”——山里的乌古孜人；“柯尔奥古孜”——依山傍河的人；“柯尔盖孜”——山里的游牧人；“黠戛斯”——黄头赤面（回纥人对柯克尔孜人的称呼）等等。
柯尔克孜族源出古代民族，但不等同于古代民族。今天的柯尔克孜族乃是一个在历史长河中不断吸收、融合其他民族成分而逐渐形成的民族共同体。公元前3世纪，柯尔克孜族先民已游牧生息于叶尼塞河上游地区。公元前3世纪末依附于势力强大的匈奴。公元87年匈奴统治瓦解后，一部分坚昆人随其迁移到中亚天山一带。公元1世纪后，鲜卑、柔然、高车继起漠北，统辖坚昆。6世纪中叶突厥雄霸漠北，坚昆时称“契骨”，隶属突厥铁勒部。从汉代至隋朝这一历史时期，部落和氏族公社是坚昆社会基本的组织形式，贫富差别也已产生。游牧和渔猎是其主要的社会生产活动，也有一定数量的农业和手工业。
公元前632年唐朝派王义宏出使黠戛斯。643年黠戛斯遣使向唐贡献貂皮。646年唐与铁勒诸部灭薛延陀汗国，漠北诸游牧部落，包括黠戛斯全都隶属于唐朝，唐设燕然都护府进行管理。648年唐朝于黠戛斯地设坚昆都督府，拜黠戛斯首领俟利发为左屯大将军、坚昆都督，从而使黠戛斯正式纳入唐朝版图。718年坚昆都督骨笃禄毗伽可汗率部参加了唐朝对后突厥的军事讨伐行动。744年回纥建国。8世纪末至9世纪初，回纥对黠戛斯发动大规模的征战，黠戛斯社会经济遭到严重破坏。9世纪20年代黠戛斯复兴。840年黠戛斯灭回鹘汗国，回鹘被迫西迁，黠戛斯汗国称雄漠北，势力一度达到天山地区。在唐代，黠戛斯始终与中央王朝保持密切的政治、经济、文化联系。847年唐宣宗遣使敕封黠戛斯可汗为“英武诚明可汗”。870年唐朝在平息沙陀李克用叛乱的战争中，得到了黠戛斯的出兵援助。
10世纪初期契丹兴起。931年黠戛斯臣服契丹。947年契丹建辽，于黠戛斯地设“辖戛斯国王府”，委任黠戛斯首领为王府大王，同时派辽国官员进行控制。1125年女真建金，称其为“纥里迄斯”。
12世纪末、13世纪初成吉思汗一统蒙古而称雄于世。1199年铁木真征服了乞儿吉思，在叶尼塞河地区设谦谦州进行管辖。乞儿吉思除仍以游牧的畜牧经济为主外，农业、手工业也因蒙古汗国的屯田筹饷、移民设局等措施而得以发展。其实，乞儿吉思人仍主要分布在叶尼塞河上游一带，也有一部分游牧在杭爱山与天山之间。
明朝时期漠兆蒙古瓦剌部兴起，乞儿吉思不堪受其压迫而大批西迁楚河、塔拉斯河地区。明末清初，留在叶尼塞河上游地区的乞儿吉思曾一度节制于喀尔喀蒙古札萨可图汗，后隶属于准噶尔蒙古。
17世纪初沙俄的势力侵入叶尼塞河上游的乞儿吉思人的地区，遭到了乞儿吉思人的激烈反抗。1702年准噶尔策旺阿拉布坦汗为避免其属民同沙俄继续发生武装冲突，派军队强令乞儿吉思人从叶尼塞河上游地区迁往天山伊塞克湖地区。其后，又有部分乞儿吉思人为摆脱准噶尔部的统治，分别迁至塔什干、费尔干纳和帕米尔高原、喀喇昆仑山一带。他们与原来游牧在这些地区的操突厥语的牧民融合，逐渐成为现代柯尔克孜族。
清代称柯尔克孜族为“布鲁特”。天山以南的称为西布鲁特，天山以北的称为东布鲁特。清朝统一新疆前后，为维护祖国的统一，布鲁特人做出了应有的贡献。1757年布鲁特协助清政府平定了准噶尔贵族的叛乱，东布鲁特归附清朝；1759年在平定大小和卓之乱的过程中，布鲁特希布察克部落的头领阿奇木比曾率兵攻破大小和卓控制的喀什噶尔，起到了牵制作用。西布鲁特归附清朝。柯尔克孜族归附清朝后，由清政府委任本民族首领统治，享有原地放牧不收土地税、贸易税率减少三分之一等优惠政策，使柯尔克孜族社会得以休养生息。
自1840年鸦片战争以来，面对外国侵略者对新疆地区的蚕食鲸吞，柯尔克孜族人民与新疆各族人民一道，进行了保家卫国的英勇斗争。1856年沙俄入侵伊塞克湖地区，遭到柯尔克孜人民的坚决抵抗。1865年柯尔克孜族人民举行了抗击阿古柏匪帮入侵的武装斗争。1877年在清军收复失地的过程中，得到了柯尔克孜族人民的密切配合。1878年清朝军队收复失地后，西布鲁特14个部落重申归属清朝，清政府委派千户长、百户长管理帕米尔高原地区，并增设了卡伦。柯尔克孜族牧民承担了卡伦的稽查、侦探、修路等任务。1895年英俄两国彼此勾结，背着中国政府私自瓜分了帕米尔地区，该地的柯尔克孜族与塔吉克族组织了“绥远回队”，为此做了不屈不挠的斗争。
1933年11月，受英帝国主义支持的民族分裂政权“东突厥斯坦伊斯兰共和国”粉墨登场。与此同时，受苏联十月革命影响的柯尔克孜族先进分子伊斯哈克拜克，在乌恰山区组织柯尔克孜骑兵武装进行反分裂斗争。1934年，这支武装力量歼灭了逃入乌恰的“东突厥斯坦伊斯兰共和国”的残部。1937年后，伊斯哈克拜克率部进驻喀什，担负着从喀喇昆仑到帕米尔高原一带的边卡驻防任务，维护了祖国的统一和边境的安全。
1944年9月，新疆爆发了三区革命。1945年4月，伊斯哈克拜克担任了三区民族军总司令。在三区革命的影响下，1945年8月南疆爆发了蒲犁革命。柯尔克孜、塔吉克等族人民组织了武装起义队伍，建立了革命政权，有力地配合了三区革命。
1949年，柯尔克孜族人民与新疆各族人民一道迎来了新疆的和平解放。1954年，克孜勒苏柯尔克孜自治州成立。半个世纪以来，柯尔克孜族人民在各个方面都取得了辉煌成绩。