据史料记载，13世纪初，成吉思汗在统一大漠南北蒙古诸部以后，进行了大规模的西征。1225年，成吉思汗结束第一次西征时，将大批中亚信仰伊斯兰教的各族穆斯林俘虏编入“探马赤军”，组成“回回军”，协同蒙古军队作战。1227年，蒙古灭西夏占领保安城所在的同仁地区，保安地区遂成为进藏及南下攻宋的重要边卡，从此便派大量的蒙古军和“回回军”在此驻扎，成为重要的军事据点。元朝建立后，先后派蒙古宗室西平王系、安西王系、西宁王系等部驻屯青海地区，这三个王系从始封人开始都是信奉伊斯兰教的蒙古王室穆斯林，其部众60万人，常驻青海30万众，多为“回回军”和信仰伊斯兰教的蒙古军。这些军兵是“上马则备战斗，下马则屯聚牧养”的亦兵亦农军队。
据史料记载，元朝统一的多民族国家建立后，元世祖、成宗以后，随着全国政治形势的变化，战争减少，军事任务随之减少，各地蒙古军西域亲军等“随处入社，与编民等”。保安地区入社后的穆斯林蒙古军兵，虽仍属军户，但要娶妻生子，立业成家，逐步向民户转化，这些便是保安族的“先民”了。元亡明兴，保安地区成为明朝的西北边疆，明在此设置卫所，驻屯军队，原来的蒙古军兵除降明和外逃外，留下的就成为民户了。
据专家介绍，明中叶以后，随着保安城的建立，保安族居住的保安城、下庄、尕撒尔“保安三庄”形成，这样保安族的先民就有了更加稳固的生息繁衍的共同家园。明嘉靖年间巡按陕西的御史张雨在《边政考》中记载有“保安站族”。从此，在漫长的历史发展中保安的先民与周围的藏、土等民族不断通婚融合，逐渐形成了一个新的民族共同体保安族，这一过程大约开始于明中叶即保安城的开建到清初最终完成。