(1)曼巴扎仓的规模与组织
“曼巴”是藏语医生的音译，有医学的涵意，“扎仓”为学院、学府之意；一般较大的寺院都设有显宗学院、密宗学院、时轮学院与医学学院。塔尔寺的曼巴扎仓是塔尔寺四大扎仓中的第三扎仓，创建于1711年，1757年正式取名为“塔尔寺医明利他摩尼昌盛洲”。拉卜楞寺的曼巴扎仓正式竣工于1784年，当时全名为“曼巴扎仓索日央盘琅”(意即医药学院医明利人洲)。
塔尔寺的曼巴扎仓位于塔尔寺大金瓦殿北侧，迎门立有两根挂经幡的旗杆。进门便长扎仓庭院，周围墙壁有彩绘壁画16幅，门右侧设小厢房1间，内居值日执事僧。殿正中上方是历代法台教长的宝座。座上方有堆绣佛像3幅，宝座右边是宗喀巴大师的药泥塑像，像内装有大师的部分头发等珍贵物品，还列有药泥塑造的救度母大像，内装有佛舍利；红铜鎏金药师8怫立体曼茶罗。宝座左边有药泥塑造的11面观音像；药泥塑的弥勒大佛，内装有迦叶佛舍利等。红檀木雕刻吉祥天母主持3尊像，红铜鎏金宗嗜巴像以及药师像、至尊弥勒等大小佛像约120尊；还有红铜鎏金药师和普明大日如来等的立体曼茶罗6座；以释迦牟尼避雷像2尊为首的许多药泥塑像；由班禅仁波且伽所赐的药师8佛画像八轴全套，及密集和大威德两种刺绣曼荼罗卷轴两幅等新旧卷轴169幅。殿左侧放有经卷书架。殿中置长明灯，殿内靠门左侧设有药柜，殿右角査佛事用具。经堂座位可容纳百人曼巴扎仓的宗教色彩是十分浓厚的。
曼巴扎仓和其他学院一样，有一套完备而严密的组织。以拉卜楞寺为例，它的最高组织形式是上、下议会。上议会是嘉木样活佛的佛宫组织；下议会系最高权力机构、在嘉佛统领之下，由总法台、总僧官、总经头、总财务司、总管理司、亲王管家、秘书以及僧众代表6人组成。另外还设监狱。医药学院(及其他学院)归属上议会领导。并在每个学院又设法台1人，主管宗教事务；执法司1人，执行规章戒律，维护经堂及采药期间的秩序；经头1人，领导并监督学僧诵经；大财务司2人；主管财经事务；小财务两2人(即采药财务司和玛尼财务司），分别主管釆集药物和法会月25日一30日）期间的财务；僧众代表6人，出席上下议会医药学院一般设初、中、高三个学级，并兼设门诊部和制药厂。
门诊部由临床经验丰富的僧医给各方前来的僧俗看病治疗，这种类型算住定治疗；有时还组织人员或单独前往牧区，为散居在草原深处且交通不便的牧民患者治疗，这种类型算流动(巡回)治疗。制药厂，专门研制各种药剂。
(2)曼巴扎仓的教学方法与内容
在学习的过程中，首先要求初级学惽必须记诵《皈依经》、《绿度母经》、《观音心经》、《四部医典》的《根本医典》和《后续医典》两部分；中级学僧必须记诵《四部医典》的《论说医典》和《秘决医典》两部分、《药王经》、《马王白莲经》、《佛赞》八十卷、《总药王经》；髙级学僧从事研究《四部医典》及《菩提道次第广论》。其次，学僧还必须逐年按照一定的程序进行有组织的教授、实践活动。2—4月这3个月当中，根据该院法台旨意，按学僭众寡，从高级学僧中选拔优秀者8—10人作为老师，给初、中级学僧传授知识6将初、中级学僧分为5个班，分别传授不同的医学知识。
(3)截传佛教寺院教育的学位制度
藏族寺院教育实行学位制，以使学僧在学佛过程中获得进身之阶，成为具备大知识、大功德之人；学位往往成为学僧人毕生追求的目标。格西(意为“善知识或良师益友”)为其学位总名称，相当于宗教博士这一等级。
格西学位又分为四个等级：
第一等为“拉然巴”，意为“拉萨的博学高明之士”，这是最高一级的格西，每年取16名，要经一次考试，两次复试通过并由西藏噶夏政府审定。第1一7名按名次排列，第8名以后不列名次顺序。
第二等为“磋然巴”，意为“全寺性的卓越高明的人”。这一等级每年取10名，水平比拉然巴低，但仍须经过一次考试，两次复试并报噶夏政府审定。
第三等为“林赛”，意为“从寺院里选拔出来的有才学的人”。此等格西每寺每年取8名，其考试和认定不必经噶夏政府由各寺院自行掌握。
第四等为“朵然巴”，意为“在佛殿门前石阶上经过答辩问难考取的格西”。此等学位每个显宗扎仓每年取1名，也由寺院自行攀握。格西的考试时间一般定于每年8月份，以扎仓为单位在法园里举行。
3．学校教育的方法与内容
(1)问难
早在第司桑第司措创办的“药王山医学利众寺”时期，藏医学校的教学方法申于受寺院教学规律和制度的影响，主要以自学背诵《四部医典》与老师讲解、考试相结合，但老师讲解考试与自学的过程中始终贯穿着具有寺院教育的特点“问难”教育方法。
(2)学校教育的敉学内容
17世纪创建的藏医学校教育直到现在的藏医学院，藏医的教学内容仍然是以《四部医典》为主要内容，特别是第司桑吉嘉措撰写的《蓝琉璃》。到1916年钦绕诺布大师担任药王山利众藏医学院院长时期，藏医学校教育的内容除了《四部医典》、《蓝琉璃》、《晶珠本草》等必读书外，还要求初学者学习正字法、文法、诗镜论、修饰法和梵文等课程。
目前的藏医学院，不仅在继承古代医学的基础上重新编写了讲义，而且还增加了西医的人体解剖学、生理学、生化、病理、药理及西医的内外科基础等知识，特别是加强了古藏文与汉语文的学习。
4．师带徒教育形式
从历史上最早出现的口耳相授，代代相传师带徒雏萌阶段一直到现代，师带徒教育形式始终存在于各个时期，只不过它在不同的历史阶段处于不同的历史地位。
一般来说老师收徒弟都有数名，但所怀绝技不轻易传授，常选自己心目中认为可靠者，方予真传。有些则只传给自家子孙。例如青海省著名藏医叶洛一生培养了很多民间藏医，其次子吾洛便是亲授医术。黄南州名医尖措，一生授徒众多，为不使绝技失传，让当教员的女儿改习藏医。
师带徒学习内容也是以藏医的经典著作为主要内容，同时结合老师经验编写的其他内容学习、实践。在历史上就有“如未熟读这些医书，就不能算是高明的医生”的教诫，因此熟读与背诵藏医经典也是师带徒学习方式的基本功。
当然理论与实践相结合的学习方法，师带徒教学形式有着得天独厚的长处，因此直到目前为止，师带徒学习藏医的形式仍经久不衰。据1991年统计，青海省现有藏医工作人员1503人，其中民间藏医688人，这688人绝大部分是师带徒形式学习藏医的。因此可以说，师带徒藏医学习形式不仅在历史上，就是在现阶段，对藏医药学的流传和发展也起着积极的作用。