在长期的生产、生活和医疗实践中，藏医学逐步形成了自己独特的理论体系。
三因学说
藏医理论认为，人体内存在三大因素，“龙”、“赤巴”、“培根”；七大物质基础，即饮食精微、血、肉、脂肪、骨、骨髓、精；三种排泄物，即小便、大便、汗。三大因素支配着七大物质基础及三种排泄物的运动变化。在正常生理条件下，上述三者互相依存、互相制约，保持着相互协调和平衡，当三者中的任何一个因素或几个因素由于某种原因出现过于兴盛或衰微的情况时，则会出现龙病、赤巴病和培根病，治疗上就需要对三者进行调整，使其恢复到协调状态。
其中，“龙”是维持人体生理活动的动力，其性质近似于汉族中医的风或气，但含义比中医的风或气更为广泛；“赤巴”译成汉语是胆或火，具有中医“火”的性质，主要功能是产生热能，维持体温，增强胃的功能，长气色，壮胆量，生智慧等；“培根”译成汉语是涎或水，它相当于中医的津、涎，但含义较为广泛，与人体内津液、粘液及其他水液的物质和机能保持着密切的关系。
关于疾病发生的机理，藏医认为归根到底是由于“龙”、“赤巴”、“培根”三者之间失去平衡和协调，使身体的元气受到了伤害，因而危及健康。因此，治疗的目的，就是调整这三大因素的偏盛偏衰，使其能够重新协调起来。
人体解剖及生理
由于民族习惯及民俗关系，藏医对于人体解剖及生理有比较深入的了解。对于人体内的器官，藏医也认为有五脏六腑。五脏指心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏，六腑指大肠、小肠、胃、膀胱、胆和三姆休。古代藏医用各种形象的比喻来形容各脏器的生理功能，例如：心脏——国王，端坐在宝座上，居人体胸腔的正中；肺脏——犹如大臣和太子，围绕着君王；肝脏和脾脏——似君王的大、小后、妃，处在君王下端，但关系又很密切；肾脏——像一座房屋的脊梁，没有它，身体就不能成为一栋大厦。
由此可以看出，古代藏医已对人体有了较为科学的认识。