藏医理论认为，人体内存在着“隆”（气）(树图中蓝色)、“赤巴”（火）(树图中红色)、“培根”（土和水）(树图中黄色)三大因素。饮食精微、肉、血、脂肪、骨、骨髓、精七种物质基础；大便、小便、汗液三种排泄物。三大因素支配七种物质基础和三种排泄物的运行变化。
“隆”主气血、肢体活动、五官感觉、食物的输送分解和生殖机能等；“赤巴”可生发热能、调解体温气色、管饥渴消化、胆识智慧等；“培根”输送液体、调解肥瘦、主管味觉、睡眠和性格等。认为人生病的原因在于环境、气候和饮食起居的影响及体内三大因素的失调。其诊断方法亦采用望闻问切，尤其重视舌苔与早晨首次小便的变化。
将疾病分为热症与寒症两大类，并将病人分为“隆”型、“赤巴”型和“培根”型。药物治疗分内服和外治两种。内服药物采取“热者寒之”、“寒者温之”的原则。外治有灸疗、放血、拔罐、热酥油止血、青稞酒糟贴敷外伤患处等。常用药是由多种药物配制的成药，共有1400多种，其中一部分为青藏高原特产。