早在原始社会，藏族先民就在生产生活过程中，积累了一些极为原始的医疗卫生经验。
据藏族史书记载，聂赤赞普在位时，他的心中存在一些疑虑的问题，包括盗贼、敌人、野牛、毒物和咒诅。当时，他的臣下集拉嗄玛月德对他说：“可以用赔偿的办法来对付盗贼，用亲友来对付敌人，用药物来对付毒物，用禳解来对付咒诅”。这表明，在二三千年前的西藏地区，尽管当时的生产水平还十分落后，但人们已经掌握了一些药物，用来治疗中毒和其他病症。这段时期估计是在由原始社会制度向私有制过度的时期。大约在这个阶段，人们由图腾崇拜而产生原始的宗教观念，这是社会意识形态方面的一个进步。
高原上的原始宗教是本教。本教的教旨认为，世界可以分为三部分，即上、中、下三个世界，上界为天神所居，中界为念神，下界为龙神。本教徒为人们卜卦祈福，上观天象、祀天神，下镇鬼魔，还能预卜吉凶，为病人乞求神药，息灾送病，为死者营建墓穴。这种巫术与医术混为一体的现象，表明医术也有了一定的进步。例如从敦煌出土的藏文卷就有“人神不悦，引来魔怪、妖精、瘟疫、厉鬼等。国王与尚论生命危险，凶”；还有“属于‘火土’，身无病，生命平安，吉；……病人无须服药能愈”。史料还表明，公元前l、2世纪的统治者巩杰赞普也请本教巫师卜病：“囊辛百脱坚以卜卦召福，祈神乞药……楚辛百村坚息灾送病……”。这表明本教徒确是用祈卜与医药合用的方法来为人治病的。
本教不仅相信多神，而且认为人体的疾病与“龙”神有关，认为一切疾病都来自“龙”，这些“龙”能引致癞病、水痘、疱疮、痘疮、瘟疫、跛子、梅毒等，病种可多达400种以上，而引致这些病的“龙”也各不相同。
所有这些都表明，本教时期虽然医药知识很原始，也很朴素，而且带有一些宗教和迷信的色彩，但却已脱离了那种听天由命、对疾病束手无策的被动局面；也表明医药是人们在生活、劳动过程中积累起来的与疾病斗争的产物。而不是某些圣人、神仙的赐予。
随着社会生产力的不断提高，对付疾病的手段也逐渐多了起来，第司·桑吉嘉措在《藏医史》中记载：公元4世纪左右人们已经会用酥油汁涂抹伤口、结扎脉口以治疗出血，而在学会用青稞酿酒以后，就利用酒糟治疗外伤，还知道饮食的益处和害处。
在松赞干布统一西藏地区之前，他的父亲朗日松赞就已经开始吸收中原地区的先进文化，包括医药知识。《西藏王统记》和《红史》都说：“朗日松赞(6世纪)时，从汉地(汉族居住地)传来医药和历算”。可以认为，从内地和邻近国家吸收其他医学体系的精华，促使藏医学产生了飞跃。由此看来，藏医在有史记载以前的一段漫长时间里，已经积累了相当丰富的医疗经验，只是还没有系统的理论知识。
公元581年，藏王松赞干布统一了青藏高原诸部落，建立统一的吐蕃王朝，西藏开始进入奴隶社会。松赞干布励精图治，建立自成体系的政治、军事和法律体制，更重要的是创造了自己的文字，自此有了文字记载的历史，使吐蕃文化产生了飞跃的发展。当时，吐蕃王朝正处在汉地、波斯、印度几个古代文明国家和地区之间，必然受其文化的影响。
公元641年松赞干布向唐王朝请婚获准，文成公主入藏，这不仅是藏汉两个民族政治上的联盟和修好，更是先进的中原文化向西传播，对藏族文化产生重大影响的开端。藏汉史书对这一重大事件都有较多记载。《西藏王统记》提到：文成公主入藏时，随带“治四百零四种病的医方百种，诊断法五种，医疗器械六种，医学论着四种……”。这是吐蕃王朝首次大量接受汉医学的记录。这些医着由汉族医僧大天、藏族译师达玛郭夏译成藏文《医学大全》，这是已知藏医学中第一部医学专着，可惜已不复存世。
继文成公主入藏后，松赞干布向邻近国家、地区以及内地请求再派医生入藏，传授医学经验和交流医疗技术。据第司·桑吉嘉措《藏医史》记载，当时应邀入藏的有中国内地医生亨文杭德、印度医生巴拉达扎和大食医生嘎林诺。三人各自把自己带来的着作献给藏王。其中有印度的《新酥油药方》、大食的《雄鸡、孔雀及鹦鹉治法》、汉地医生的《大小汉地治法拾遗》。这些医书都被译成藏文。后来，三人又合着了一部综合性的医书，书名《无畏的武器》，全书共七卷，内容包括了三种不同来源的医学。此书虽也相继失传，但它无疑对藏医早期的发展产生过重要的影响-
关于《无畏的武器》一书的作者，近年来有学者从史学、语言学和音韵学的角度进行了考证，认为这三位人物并非真有其人，而是代表古印度医学、西方古代医学和汉族的中医学等医疗体系的象征性人物，是仅次于《医学大全》之后的最早藏医典籍，也是最早综合各国各族医学内容的医着，对古代藏医学的形成影响深远。
公元8世纪，藏王赤德祖赞(公元704—754在位)再次与唐王朝联系，要求通婚。唐中宗以宗室女金城公主嫁给藏王。公元710年，金城公主入藏，再次带去大量医着。这些医着都被译成藏文。后来，汉族医僧摩诃衍和藏族着名译师毗卢遮那又综合译稿，编译成一部既有外国及汉族地区医学内容，又有藏族本民族医疗卫生经验的综合性医书，书名《月王药诊》。这是目前所能见到的最早的一部藏医经典着作。
公元8世纪中叶，藏王赤松德赞执政(754—797)，他十分重视医学，当时从内地礼聘汉族中医马哈金达高僧、冲姆地区的医生比吉·占巴希拉哈，还有印度医生达马拉扎，这三人在当时被誉为“三神医”。其中，占巴希拉哈曾任王室侍医，他编撰的医书计有《活体和尸体测量》《黄色比吉经函》《晶鉴续五十章》。对这些医书，藏王十分重视，把它们统一命名为《王室养生保健经》，珍藏在王宫。
赤松德赞为了进一步发展藏区的医学，又从全国各地和国外聘来9位名医，他们是内地唐王朝的东松岗哇、马哈巴拉、杭地巴达，天竺的先地嗄巴，克什米尔的古雅巴札，大食的哈拉先弟，吐谷浑的生多维钦，堆伯的却玛如孜和尼婆罗的达玛希拉。这九位名医各自勤于着作，并由藏王责成藏族译师嗄瓦白兹和觉古·路伊坚赞把这些着作译成藏文。这些着作主要包括生理解剖、各科病症诊治、草药配方、治疗技术等等。藏王甚为重视，称之为《紫色王朝保健经函》。
为了进一步弘扬九太医在藏区所传播的医学精神，学习和继承他们的医术，赤松德赞及其后的藏王又从全藏选择了有培养前途的9名青少年。这9个人是切吉西波、乌巴却桑、贝且列贡、宇陀·宁玛元丹贡布、米涅茸杰、章狄给桑、涅巴曲桑、塔西达玛、东巴杰给。后来，9个人均成为藏区名医。其中尤以宇陀·宁玛元丹贡布最为杰出。他多次到内地以及印度、尼泊尔游学，广泛吸收《医学大全》《月王药诊》《黄色比告经函》等前代着作的精华，经过20多年的实践，在公元8世纪末着成《四部医典》，成为藏医学史上最有影响的经典着作。此后的藏医学都是在此基础上发展起来的。吐蕃时期实际上就是藏医学的奠基时期。
不久，藏王赤松德赞患病，欲再次礼聘九太医入藏。结果，只有东松岗哇一人应聘。他不仅治好了赤松德赞藏王的病，而且又带进了不少新的医书，深受赤松德赞赞赏，赐他为“塔西·东松岗哇”，意为他的医术等于四方三界中之佼佼者。藏王还赐给他宅第，定居在山南地区的雄和堆两座庄园里，成为塔西家族的始祖。这一家族的后代多数是藏医名医。
公元9世纪上半叶，宗教和政治斗争日趋剧烈。公元839年，藏王达磨即位，他大力反佛，灭佛寺及僧徒。不到3年，他被政敌所杀害，吐蕃王朝崩溃，并逐渐形成割据的局面，进入封建农奴制社会。经过近一个世纪的战乱和分裂，佛教又再次兴盛繁荣。
在随后的300年间，王朝更迭频繁，经历了阿里王朝、萨迦王朝等，每一阶段在医学上都有一定成就。
阿里王朝时，从孟加拉迎请高僧阿狄夏入藏传授佛法。他带来大量佛经的同时，也带来了许多医学着作。如印度吠陀医学的重要医着《八支心要集》及其注释本《月光》，从而进一步促进了藏印医学的交流。
阿里王朝弘扬佛法的做法，在政治局势逐渐稳定的情况下，产生了积极的影响。在灭佛期间被埋藏的“伏藏”佛书，纷纷重新问世。其中特别具有重要意义的是宇陀·宁玛元丹贡布的《四部医典》重见天日。
公元1012年，红教的德敦·查巴旺西在桑耶寺乌兹经堂的瓶形殿柱内发现埋藏的《四部医典》，使这部沉睡了200多年的医着再度问世．从此，历代医家对该书不断进行研究、注疏、增订，并吸收藏医以外的知识，使其内容大大丰富。其中以11世纪左右的宇陀·萨玛元丹贡布的工作最为突出。宇陀·萨玛是宇陀·宁玛的第13代孙。他的最大功绩在于对《四部医典》做了十分详尽的修订、整理和补充，并根据该书的内容，编纂了一套《四部医典》的诠释，其中有些至今仍流传于世。
萨迦王朝时西藏正式归入中国版图。在八思巴统治西藏时期，昌狄家族的成员对藏医学做出了不少贡献。昌狄·班旦措吉所着《解剖明灯》和《药物蓝图》，都绘有一些图谱，这为其后绘制成套的“曼汤”打下了基础。
公元14世纪中叶，山南地区帕摩竹王朝的建立，替代萨迦王朝统治了全藏。藏医学在这一时期出现了不同的学派。其中以北派和南派为主要代表。
北派由着名藏医强巴·南杰扎桑创立。他的知识广博，除了对《四部医典》进行诠释的《所需所得》以外，还有一些其他着作。由于他生活在北方高原地带，对常见病如风湿症有丰富的治疗经验，擅长应用温热药物、艾灸及放血疗法。
南方学派的出现较北派略晚一些，其代表人物是舒卡·年姆尼多吉。他对南方的草药有独特的研究心得，着有《草药鉴别》、《草药性味》、《草药生态》。其后的南方学派重要医家洛追给布对《四部医典》也很有研究，着有《祖先口述》，此着作至今仍为医家学习和研究《四部医典》的重要参考书。
公元17世纪初，甘丹颇章王朝建立，这个王朝中比较有成就的是五世达赖(1617—1682)，他十分重视发展科学，采取了一系列鼓励发展医学的政策和措施，使藏医学得到较大的发展。
五世达赖对培养医学人才比较重视，先后建立藏医机构数处。如在拉萨北郊的哲蚌寺设立“医学利众寺”，下令恢复日喀则的医学校，招收优秀青年喇嘛学习《四部医典》，培养优秀学者。
不久，五世达赖的摄政王第司·桑吉嘉措在拉萨设立“药王山医学利众寺”。该寺由桑吉嘉措直接主持。他凭借其政治地位，广泛研究历代各注家的着作，并根据亲身经验，对《四部医典》进行了深入细致的研究，特别对那些有争议的、比较难懂的问题进行了通俗的注解和诠释，于1686年完成巨着《四部医典蓝琉璃》，篇幅比原着增加一倍以上，内容通俗易懂，是《四部医典》的标准注释本。
这一时期，刻板和印刷的技术均已大大提高。桑吉嘉措在五世达赖的批准下，刻印了一大批藏医的重要着作，如《四部医典》扎汤版，洛追给布的《祖先口述》《新老宇陀传记》《四部医典蓝琉璃》等许多着作。桑吉嘉措还根据《四部医典蓝琉璃》的内容，主持绘制了一整套藏医彩色挂图，用形象的图画把该书的内容通俗地表述出来，全套挂图共79幅，这是世界医学史上仅有的珍贵文物，受到国内外藏学界及藏医界的特别重视。
这一时期的本草学着作是帝玛·丹增彭措的《晶珠本草》，全书收载各类药物2294种，涉及每一种药物的形态、功用、产地、用法等内容，是藏医药史上影响最大的药物学专着。
此外，这一时期藏医药在西藏以外的地区也得到了一定的发展。如公元1711年，青海的塔尔寺便建立了“曼巴扎仓”，此后，广惠寺、夏琼寺、拉加寺等寺院也相继建立了“曼巴扎仓”，开设藏医课程，学习经典医着，带徒传技，采铡藏药，医治疾病，培养了一大批藏医人才。
十三世达赖(1895—1933)时期，藏医药有了进一步的发展，除发展医疗活动和整理古医籍外，对医学教育也给予了特殊的重视。1916年，达赖曾指示着名医学大师钦绕诺布主持建立一个医学和天文历算机构“门孜康”，专门培养藏医学和天文历算人才，编制藏族历书。学校学习以《四部医典》为主，同时还要学习天文历法、历史、诗歌等课程。学校有一整套严格的考试制度，学制为6年，学生最多时达150名。这所学校一直是近代培养藏医的主要场所。
1959年西藏民主改革后，特别是党的十一届三中全会以来，藏医药得到了各级领导的进一步重视与大力支持，使其在西藏、青海、四川、甘肃等各藏族聚居地区都取得到了长足的进步。