根据藏医的理论，人体由三因素，即隆、赤巴、培根构成，三者之间在正常情况下保持协调和平衡状态，疾病是由于这三者失去协调与平衡。用药物治疗的目的，就是要矫正这种不协调状态，重新恢复平衡。另外，以疾病的性质而言，大致可以分成寒热两大类型，药物也有寒热属性的不同，利用这种特性，来纠正疾病的寒热偏胜，达到治病的目的。
在用药物治疗时，藏医主张用药引子，以便把所用的制剂引向患病的部位，例如用白糖做为药引子治疗单纯性的热病，也就是不杂有其他合并症者；用红糖块做引子治疗寒性病；用蜂蜜做引子以治疗培根病或黄水病等等。
除药引子之外，对药物的服法也有讲究，以保证较好的疗效。比如说，丸药一般是用开水送服，其中寒性病用热开水吞服；热性病则反之，用凉开水送服；至于混合型的病症，亦即寒热兼有的，就用温开水送服。凡隆病宜用动物骨熬的汤送服，赤巴病宜用獐牙菜汤送服，而培根病则宜用芫荽子熬的汤送服等。
对于服药的时间，藏医也比较讲究，尤其要注意与进食时间互相配合，以获得最佳的疗效。
此外，用药物治疗还要注意在复杂病症中的用药原则，要分清病症的主次及标本。比如，人体内部的各种病症，应当先调理脾胃，以改善身体的营养状态，因为脾胃是身体抗力的根本；对心、大肠、命脉这三种患病者，应该以调理隆的协调为主；而对胃、脾、肾这三者的病症，应以调理培根的协调为主；对肺、肝、胆三者的病症，应以调理和清理体内的热为主，这样才能取得应有的疗效。