彝族医药起源于原始时期，这个时期的彝族先民吃住都在森林中，并且多数住在树上，故对植物有了最直观和最粗浅的认识。也许正足由于这一历史和自然发展的原因，彝族医药与植物结下了不解之缘。
经过了漫长的时间，大约是到了母系社会，这时才真正出现了医药。关干彝族母系社会的历史，“支格阿龙”（又译支呷啊鲁）是凉山最有代表的史传。这段历史延续到石尔俄特找到妻子，成为彝族历史上的第一个父亲为止。根据这一史传，彝族的母系社会也可称为“支格阿龙”时期，这个时期，是彝族进人原始社会的第二个阶段。
进入母系社会后，生产力和生产关系比过去有了相对的提高和改进，出现了按性别和年龄分工的原始区分。在长期采集野生植物的过程中，彝族先民发现了植物有不同的季节生态，于是逐渐学着用植物变化来划分季节，甚至用植物来给部落命名，由于对植物有了新的认识，彝族先民们开创了衣业、种植业。这种相对稳定的农业生活，给原始彝民带来了相对的定居生活，这时，畜牧业、家庭词养因定居生活得到了促进和发展。
随着彝族先民生产力和生产工具的不断发展，原始的彝族医药也得到了进一步的发展，这个时期，医药活动开始出现，对动植物有了更进一步的认识。
当时的彝族先民们一方面处于恶劣的自然环境中以及面对凶残的野兽伤害，一方面也处于自身疾病的折磨之中，所以患病的人较多，迫切需要医药知识。
彝族史书中记载了一位古代彝族的先祖一支格阿龙，他看到患病的人急需医药，于是就向雷神寻医问药，形式很像古代歧伯与黄帝对话论医。内容包括：这些内容说明在母系氏族社会中彝族就开始利用动物和植物药来治疗疾病了，即早期的彝族医药。
从那时以后，彝族人民在与大自然斗争的实践中，慢慢地积累了保护身体健康和提高体质的经验，同时也就发展了医药知识。经过有文化的彝族前辈和医生整理归纳，使朴素的医药知识渐渐有了一定的理论基础，并记录到书上，传给后代。这些医药知识和理论在许多彝文古籍中都有记载流传。《西南彝志》和《宇宙人文论》中就介绍了古彝医有关原始的人体解剖和经络气血的一些理论。
彝医从一开始发展就受自然环境和生活习性的影响，故其对医学理论的认识与汉医学不完全相同，如彝医所说的“清浊二气”六条，相当于汉医学中的太阳、少阳、阳明、太阴、少阴、厥阴等六经。而五体分属五脏的说法，与汉文医书所记载的又相近似，汉医认为“肺属金”，彝医则说“骨属金”＇；汉医认为“肝属木”，彝医则说“筋属木”；仅“心属火”彝汉医学说法一致，其他四属都有区别。可见，彝族医学是有着自己独特的理论基础和实践经验的一门学科。
随着彝族文字的不断发展，彝族的医药专书也得到了流传。云南楚雄彝族自治州曾先后发掘出28部彝文古医籍，其中分别记载有内、妇、儿、外、生理、针灸等科的内容。如明代嘉靖年间（公元1522—1565年）书写的一本医书中，就记述了56种病，87个处方，124味药物。并且大多数是一病数方，一方数药，—药多用。除了有文字记载的彝药知识外，在彝族地区，还有很广泛的口传和世代相承的医药知识在流传，民间医生遍布彝族地区，有的还到其他民族地区行医卖药。他们能运用各种植物、动物、矿物制成土成药，能医治多种疾病。云南著名的“白药”、就是根据彝族医生祖传的秘方配制而成的，现已成为闻名
中外的治创伤和止血消炎的特效良药。由于长期和其他民族共生存、共发展，特别是和汉族的杂居，彝族医药的发展，受到了汉族医学的很多影响，如内服、外敷、拔火罐、熏洗、按摩、接骨、包扎、开刀等治疗方法，多为彝族医生从汉医那里借鉴而形成自己民族特色的治疗手段。在历史上，彝汉两族人民在医药知识方面，也像其他方面一样，始终在相互学习，相互吸收。彝族先辈们正是因为有善于学习、善于总结、百折不烧地同病魔作斗争的精神，使彝族医药得到不断的充实和提高，今天，彝族医药已成为中华民族宝贵医药遗产的一部分。