土家医方剂分类有按病症分类和按功效分类两种方法。土家医的传承主要靠口耳相授的方式进行，多记载于药匠的记忆中，流行于口头间，在地域和师承方面存在一定的差异，因此，有两种学术观点。按病症分类有文字可查的，见于《老祖传秘方》、《急救药方》，较洋细的为陆源所著《各方药草》手写本。《各方药草》按打伤门、吐血门、手门、要门、足门等分设，每一门下又记载若干治病方剂，如打伤门下有跌打损伤方、头面跌伤方、跌断手足方、脑破骨损方、打伤眼睛方、重物压伤方、尖棍伤方等。此种传承药方无方名。按功效分类，以《寿世得效方》手抄本为代表。按方剂功效分类，即表出剂、清败剂、化散剂、赶排剂、提升剂、补益剂等十四剂（类）。此类方剂佚先较多，多有方无名。
新中国成立后，为保存和发贼民族医药事业，党和政府组织鼓励献方献技，由于方名佚失，不易编排，多采用按病症分类方法编纂。代表著作有田华咏等主编的《土家族医药学》。在明清时期手抄本中，有七十二症剂、七十二风剂、七十二痧剂、七十二劳剂、七十二惊剂、七十二窍剂、七十二疱疮剂、七十二痒剂，二十四气病剂、二十四痢剂、二十四伤剂、三十六妇女病剂、二十四霉剂、二十四疡剂、十二癫痫剂、十二走胎剂、一百单八症剂等10多类方剂。