(一)三元的生理病理特点
土家医将人体内脏概括为三个部分，即上、中、下三元上元主要包括脑、心、肺，共居上天，统摄人体气血神志，为元之首。
脑，主神，为人体生命活动的统帅。人体的精神、意识、思维为脑所主，与气、血、精三者关系密切。气、血、精旺盛，则脑有所养而精明，人体生命活动就健旺，表现为神清气爽，反应敏捷。气血精亏虚，则脑失所养，则有神昏、神乱、神衰等病理表现，如出现黑脑带等病证。另外，悄志内伤和邪气外感波及脑元，则致脑元失聪，如出现花痴、鸡窝寒等病证。心主血，为人体气、血、精输布的动力和枢纽。肺主呼吸，为人体气体交换的总汇。肺的功能失常也表现为两个方面的病理变化：其一为气亏，如少气，动则喘息，精神萎靡，倦怠乏力；其二为气挡胸，而出现胸闷、气促、肚胀，躺病、咳嗽等病证。
中元主要包括肚、肠、肝，共居腹内，为水谷出人之地，水精、谷精化生之处。肚主饮食的受纳与消磨，肚的病变主要表现为食物受纳与消磨失常，如出现肚子疼、打呃、呕吐等病证。肠主饮食物的传化。肠病主要表现在传化失常，如出现腐稀、屙铜、大关门等病证。肝主水精、谷精的生成。肝病则人体所需的营养物质匮乏，于是出现面色菱黄、消瘦或虚肿、倦怠乏力等一系列病证。
下元包括腰子、尿脬、养儿肠或精脬，共居下元，有排泌余水之功，为人体孕精生成之处，生命发生之根。
腰子主孕精的生成，为人体繁衍之本源。若腰子有病，孕精的生成发生障碍，就会产生不孕、腰痛等病证。男子的精脬，接受腰子输送的孕精，从而发生性感，排出体外。如果精脬有病，就会出现遗精、滑精、交合时不泄精等病变。女子的养儿肠，接受腰子的输送的孕精，如果与男子的孕精结合，便能有子，否则化为经水排出体外。养儿肠的病变，主要表现为滑胎、月经不调、摆白等。尿脬，主尿，为人体排泌余水之地。尿脬有病，主要为排尿困难，出现尿急病、淋证，小关门和肿病。
(二)气血精的生理病理特点
人体的生命活动，主要依据三元脏器的功能正常，而这些脏器功能的实现又以气血精为物质基础。气血精不断地循环转换，滋养着人体的各个器官，保证各个器官功能的实现，从而才能使人体得以维持正常的生命活动。如果气少、血亏、精乏，均能影响各个组织器官的正常功能，而使人体的生命活动受到影响，甚至造成生命活动的终结。
1．气
(1)气的生理功能：气是构成人体的特质成分，如清气、谷气。气也是人体生理活动的动力。气还能维持人体正常温度。
(2)气的病理变化：如果气的活动运行失常，蓄结于内，便产生病气。如废气积于肺，便出现咳喘：积于肚肠，便出现腹胀、纳呆等。
2．血
(1)血的生理功能：血是由水精和谷精在上元心气的作川下化生的一种红色精微物质。具有营养机体的作用。血的功能表现在二：其一是血水通过筋脉的输布到全身各处起濡润作用；其二是血与清气结合，刺激机体起动力作用；其三是血与谷气相合，输布于周身起营养作用。
(2)血的病理变化：各种原因引起的液运行障碍均可导致疾病。血液妄行则出现咯血、吐烟子、腐血尿等病证；血行瘀阻，则出现各种疼痛性疾病，如绞肠痧、肿节从等病证。
3．精
(1)精的生理功能：精是具有营养机体和生育功能的营养物质。土家医把精分为水精、谷精和孕精三类。
水精是由人体摄入的水液，经肠吸收，肝的作用，渗于筋脉中运行的营养物质。其作用有三点：—是为血液的重要组成部分；二是具有满润躯体孔窍作用；三为由汗窍排出，成为汗液，具有调节寒气与热气平衡的作用。
谷精是由人体摄人的食物，经肚的消磨，肠的发酵，肝的变化而化生的精微物质。其作用主要有：一为血的重要组成部分；二为孕精化生的重要物质基础；三由筋脉运送至周身起营养作用。
孕精是由谷精与血在下元腰子的作用下生成的具有生殖功能的精微物质。孕情由腰子生成后不断地输送到养儿肠或精脬中，以维持男女的性能。如果男女交合，便能在养儿肠中孕育新的生命。
(2)精的病理变化：主耍力精亏。水精不足，躯体、肢节、孔窍失其濡润，表现为干燥，如大关门、无汗；谷精不足，则人体气血生化无源，表现为虚气少之证；净精不足，则出现不孕不育。