蒙药的产生和发展，如同祖国医学的发展一样经历了长期的实践过程。蒙古族人民常年在辽阔的草原上过着游牧、狩猎的生活，因而与自然界的各种物质广泛接触，逐步发现、了解到某些 植物、动物、矿物及泉水对人体可能产生影响，其中包括一些中毒现象，从而逐渐对所寻觅的食物有所辨别和选择。为了同疾病作斗争，开始注意某些自然产物的治病作用和毒性作用。经过无数次的有意识的试用和观察，包括口尝身受，实际体验反复应用于各种疾病的治疗，不断总结提高，创造和积累了日益丰富的用药知识。
在科学文化未发达的氏族社会和奴隶社会时期，蒙古各部落的药物知识均被萨满教徒所掌握，公元10世纪末 ，蒙古各部落述渐强盛起来，随着成吉思汗统一蒙古进入封建社会，蒙古民族与国内务兄弟民族之间的文化交流得以开展，在此影响下，当时处于萌芽阶段的蒙药知识也有了新的发展，据史书记载，公元1226年在蒙古军营中瘟病流行就有曾用格西古纳(大黄)治愈的实例。
16世纪以来，随着社会的发展，蒙古族不断汲取汉、藏等兄弟民族的医药学理论和经验，又反复实践，不断地交流和总结经验，从而形成了早期的药物疗法。随着医学的进步，人们对药物的认识和需要与日俱增，药物的来源也逐渐地由自然生长发展到人工驯养和栽培，由植物、动物发展到矿物及化学制品。传播这些知识的方式，由原来的口耳相传，发展到文字记载，因而出现了不少蒙医药着作，对继承和发展蒙医药学知识起了积极作用。
18世纪，青海籍蒙古族杰出的蒙医学家伊希巴拉朱尔(1704--1788)用藏文编写了《药物名录及认药白晶鉴》一书，是一部以认药、用药和介绍药物作用等基础知识为主要内容的蒙药学文献。该书收载珍宝类药物38种，矿物类药物55种，土类药物17种，平原生长药物 67种，木本类药物63种，草本类药物205种，兽角类12种，骨类12种，肉类29种，血、脂、胆类13种，脑类4种，蹄甲、皮类8种，尿粪类18种，昆虫类13种，其它类 247种，总计801种，分为三部十篇。全书共有5万余字。
18世纪后期，内蒙古正镶白旗着名蒙医学家罗布僧苏勒和木(1740--1810)用藏文编着了《认药学》巨书，该书分为“珍宝、土、石类药物的识别”、“树木、滋补类药物的识别”，“草类药物的识别”，“动物药及盐、灰类药物的识别”等四部，总收载丁678种，约39万字。书中对每味药的形态、产地、性味、功能、质量优劣等方面作了 全面、系统地阐述。
19世纪初叶，内蒙古奈曼旗杰出蒙药学家占布拉道尔吉用藏文编着了《蒙药正典》一书，记载了879种药材，分为八部二十四篇。书中对每—种药材都注明了蒙、藏、汉及满文名称，并较详细地说明了产地、形态、性味、功能等，还附有579幅插图。作者在本着中纠正了不少蒙药名称的混乱现象。此书出版发行以来至今仍作为学习、研究、鉴别、鉴定蒙药材的主要依据，为蒙药学的研究发展做出了重大贡献。
19世纪，蒙古国斯琴汗盟着名蒙医罗布桑却琵勒用藏文编纂了《蒙医药选编》综合性书，书中主要撰写了疾病症状，治疗方法，药物方剂及药物炮制用法，还有以药物性能归纳成蒙药称呼法等内容。此书内容较广，是临床应用价值较高的古代名着之一。
19世纪中期，内蒙古伊克昭盟君王旗（现伊金霍洛旗)蒙古族的杰出诗人兼医学家伊希旦金旺吉拉（1853—1906）一生中不但写了不少诗篇，而且大部分时间都致力于救死扶伤的医疗活动和蒙医药的研究，他撰写过四部书，即《珊瑚验方集》、《珍珠验方集》、《珍宝验方集》及，《医学歌诀》， 前三部皆用藏文，后一部是用蒙古文写的。其中《珊瑚验方剂》一书内以、妇、儿、皮肤、五官、温病等多发病的治疗为主，还载入了200多种药方，100 多种疗术，38种药物炮制法，内容极其丰富。所以该书流传于内、外蒙古，成为蒙医临床必读手册。
以上着作都是蒙药学珍贵的遗产。由于蒙古文字的发展和使用较晚，蒙古族的游牧生活以及长期战争的破坏，使历史文化遗产损失殆尽，因而留下来的蒙医药学文献较少。
新中国成立以来，随着医学的蓬勃发展，党和政府对蒙医药事业十分关心，设立了蒙医药研究机构，开办了蒙医药院校，培养了大量蒙医药人才。在继承整理丰富药用遗产的同时，对蒙药资源进行多次考察，整理翻译编辑出版了大量有关文献资料和着作。80年代中期由内蒙古卫生厅主持编纂并先后颁布了《内蒙古蒙药材标准》及《内蒙古蒙成药标准》，纠正了蒙药材的混乱现象，统一了蒙药方剂的生产标准。对蒙药材的学习研究、鉴别用药的统—规范和蒙医药的发展做出了重要贡献。