蒙医方剂一般由二味或数味药所组成。蒙医常用成药，很少开方。蒙药临床治疗的根本原则也是辨证施治。配方分气味、性能二类。药物分主、辅、佐、使。一般成药有400余种。已知蒙医传统配方、单方、验方共有1500多首，绝大多数为复方制剂。
蒙成药剂型有10种。即汤剂（煮散）、散剂、丸剂、膏剂、酒剂、油剂、灰剂、搅合剂、草药剂及金石合剂。
汤剂（煮散）按着一定处方研为粗末，备用。煎汤去渣取汁服用，或沸水沏服。汤剂因其吸收较快，故一些急症及发病初期，多用汤剂治疗。如“查干汤”（土木香15克，苦参12克，珍珠干9克，山柰6克。每服3～5克），治疗感冒，头痛，温病初期均有良好效果。
散剂是将药物按处方配制，碾研成细粉，混合均匀，寒凉药加白糖二分之一；湿热药加红糖三分之一，备用。白开水或调引送服。散剂有内服与外用两种。并有便于服用、携带、制作简便、节约药材、不易变质等优点。应用较广，但吸收较汤剂为慢。
丸剂将药物按处方配齐，粉碎成细粉，混合均匀，以蜜、水或面糊、药汁等赋形剂制成药丸。一般为黄豆或绿豆大小的颗粒，外用朱砂或银朱研细粉挂衣、晾干贮藏备用。一般应用于慢性、虚弱性的疾病，以及某些不适宜用峻猛药者。此外，丹剂中有内服、外用两种。大多为金属化合物炼制而成，一般用于顽症、痼疾。
膏剂分内服膏剂和外用药膏两种。内服膏剂又分流浸膏、浸膏（干浸膏和稠浸膏）及煎膏剂（膏滋）。外用药膏分硬膏药和软膏药。如：沙棘膏、文冠木膏、驼蒿膏、泡囊草膏、山黄柏膏、紫草软膏等。
酒剂以酒为溶媒，浸取药材中有效成分，所得的澄水浸出液供内服和外用。此剂多用于体虚，风湿疼痛及跌打扭伤和慢性病的辅助治疗。如菱角酒、沙棘酒、苁蓉酒等。
油剂先将药材精选，加工炮制处理后，按处方调配、浸煮、浓缩到一定程度，按比例加鲜牛奶溶和，并加一定量的奶油、蜂蜜、蔗糖、白糖等，浓缩到无水分，呈现油光泽、红黑透明或黄黑透明时，即成油剂，密闭于瓷器内贮藏备用。一般用于老人、妇女、体虚者的浮肿、湿痹、肾虚等。
灰剂蒙医认为寒疾经久不愈则用灰剂治疗为上。分为急、中、缓三种配剂，根据病情选择使用。
搅合剂按处方调配，研细粉，混合均匀，逐渐加入适量炼蜜、奶油、红糖、冰糖等，反复搅合而制成，密闭于瓷器内贮藏备用。此剂分为湿热、寒凉两大类型。一般用于慢性、虚弱性疾病，如对妇女及五官科疾病、老年病应用较多，而且服用方便。
草药剂草药剂是蒙医因地制宜地采集野生药草，将单味或数味药煎汤服用。或将采回的药草置于清洁凉爽通风处阴干，制成粗末，煎汤给患者服用。这种原始的剂型叫做草药剂。一般用于湿热病和外感的治疗。
金石剂金石剂亦称珍宝剂。它以珍宝类药物，如金、银、珍珠、玛瑙、玉石、红珊瑚、松石等以及金属矿物类药物，如赤铜、白锡、铁、寒水石、月石、金精石、银精石、水银、硫黄、黄丹等为主药，适当配合动、植物药而制成化合剂备用。本剂的特点是毒性较强，药用量小，药效持久，吸收较慢。本剂一般不轻易应用，经多次服用一般药物治疗无效的顽性恶疾和疮疡痈疽等，才考虑用本剂治疗。当病症一除，立即停药，勿多服。