裕固人最初信仰原始宗教——萨满教，公元7世纪以后，摩尼教传入，唐代以后裕固族先民在进入河西后接受了汉传佛教，后来受到藏族的影响，开始信仰藏传佛教。
但由于语言文字方面的障碍以及在中华人民共和国成立以前裕固族人口的稀少等原因，使得藏传佛教传入到裕固族地区以后，发生了一些变化。再者，由于各种原因，宗教信仰在裕固人的信仰世界中，并没有留下根深蒂固的影响。
从20世纪80年代初开始，中国许多地区出现了宗教信仰上的“反弹”现象，但在裕固族地区却没有出现类似现象。到目前为止，原来被毁的寺院中，也仅有长沟寺、明海寺和康隆寺得到了有限的恢复，总共也只有四五个僧人。因此，在总体上，当代裕固人，特别是年轻人的宗教信仰意识趋向淡薄。
同时，裕固人的宗教信仰中仍然包含有很大比例的原始萨满教信仰的成分。裕固族萨满教的巫师称“也赫哲”或“喀目”。在从前，由也赫哲所主持的仪式活动主要有每年农历正月举行的祭“汗腾格尔”（祭天神）仪式、农历六月举行祭鄂博（敖包）仪式以及各种治病求福的巫术活动。
另外，现代裕固人对火的崇拜现象、火葬习俗、许多驱邪禳灾活动等，都与古老的萨满教信仰有关。在上述各种仪式活动中，80年代以后恢复的主要是祭鄂博仪式。此仪式的恢复可能与藏传佛教中的类似的宗教活动有关。现在裕固族地区的祭鄂博仪式多以行政村为单位举办或轮流举办。有的地方已经开始将这类活动与当地的旅游接待活动相结合，使原来的祭鄂博活动在内容和形式上越来越具有现代民族文化传播意义。