裕固族信仰喇嘛教，是属于喇嘛教格鲁派（黄教）。但是，裕固族的祖先在历史上曾信过别的宗教。在公元8世纪中以前，回纥人就曾信仰萨满教。他们崇拜精灵，崇拜祖先，害怕雷霆。还应时而产生了能预卜吉凶、呼风唤雨的男女巫师。后来，裕固族的祖先又先后信仰过摩尼教和佛教。
到了8世纪中叶，回纥政权建立后，随着封建制度的日益发展，本来崇拜精灵的原始萨满教已经不能满足新兴封建主阶级的需要了，为了维护各部落的统一，加强君主的威望，这就需要产生一个能够庇护唯我独尊的君主地位的神，于是在公元762年，回纥第三代可汗牟羽可汗出兵助唐平定“安史之乱”后，带回四个摩尼僧，牟羽可汗宣布摩尼教为国教。从这时起，回纥人信仰了摩尼教。
11世纪初的甘州回鹘在裕固族历史上处于重要阶段。在这个时期里，信仰摩尼教的回鹘人从漠北来到佛教兴盛的河西地区，由于受当地文化和宗教的影响，裕固族的祖先抛弃了摩尼教，改信佛教。并为佛教的传播作出了贡献，对河西地区乃至周围其他民族，都有过一定的影响。
到了元代，元朝统治者崇尚喇嘛教萨迦派，这样，裕固族的祖先又改信了喇嘛教。
喇嘛教的组织非常严密，设有喇嘛（有的寺院称堪布或活佛）、法台、僧官、提经、僧人和班弟。喇嘛是寺院的最高统治者，以转世来继承。喇嘛、法台、僧官有打罚僧人和班弟的权力，一般僧人很难升为法台和僧官，即使有个别的，也要付出大量的钱财。班弟大多数是贫苦牧民的子弟，他们为喇嘛或传经的师傅长期服无偿劳动。
喇嘛教对裕固族人民的经济生活有着很严重的渗入和影响。各个寺院每年通过部落或直接由寺院借放会、念经的名义，向牧民强派布施。如每年每个寺院都有定期的正月大会、四月大会、六月大会、十月（或九月）大会，每月十五还有一次小会。这样，寺院上层不仅占有大量牲畜和草场，还通过这些名目繁多的放会、念经、算卦向牧民收取布施。