酒泉清真寺始建于明代位于东关北后街。民国六年（1917）翻建。为典型的伊斯兰风格建筑，主体工程有大殿一座，南北陪殿二座，寺门向东。有门楼，大殿后部建有二层望月楼（阿文称弥那拉楼），及阿訇往房、洗礼房等。面积1440平方米。它既是当地穆斯林群众“聚众礼拜”的地方，又是穆斯林排解纠纷、评判曲直的场所。肃州清真寺始建于明代，原址在城东北隅，清代后才迁到了东关北后街。
1917年，聚居在肃州东关的穆斯林群众在回族老人马金贵、马绪宗、马忠贤、张积德、杨万林的积极倡导下，自发组织起来对清真寺进行修缮翻建。为了解决所需银两，马金贵带着杨万林、杨万清等人骑马赴哈密、奇台、迪化（今乌鲁木齐）、伊宁、喀什、兰州、临夏、西宁等地募捐，筹得银子三千两，加上当地穆斯林群众的资助，共筹集到三千二百多两银子，不足部分由张积德包垫，并从青海西宁请来木工马呈捷师傅承担建筑、设计和施工，历经两年多的时间，于1919年竣工。清真寺建成后，穆斯林群众举行了隆重的仪式。 1949年10月，彭德怀元帅在酒泉视察工作时，亲自到清真寺看望回民群众，与回民群众亲切交谈，共叙家常。至今，一些回民还对当时的情景历历在目，记忆犹新。
清真寺大殿建筑面积536平方米，系土木石砖结构，建筑紧凑别致，风格独特朴实壮观。殿前有前檐，殿后有经堂，三部分浑然一体。从侧面观看，殿脊起伏呈马鞍型，经堂顶上耸立着四角高亭，经堂两侧有雕刻精致的木花纹边门。大殿正门前檐下都装着木质雕花门窗，南北两侧墙面用雕刻图案的青砖砌筑而起。殿内矗立八根大圆柱，正梁前后悬挂着雕刻有阿拉伯文的《古兰经》和五块题有汉文“真一”、“清真无二” 、“独一无偶”、“清真为本”、“道寅天房”的大匾，字体苍劲有力。大殿前是庭院，南北各有五间讲堂，东西纵深二十米，南北十五米，是穆斯林讲授教义和回民开会商讨事务的地方。庭院东面是山门，上有十八米高的宣礼楼。山门之外有院落，有沐浴净身的水房。
十年浩劫中，清真寺遭到了严重破坏，水房、宣礼楼、山门、庭院南北房等都被摧毁拆除，唯一残留的大殿屋脊也被破坏。1980年后，当地政府多次拨款对清真寺进行了系统的维修，并新建了接待室、图书室和清真寺大门，重新修建了七米多高的宣礼楼。同时组织穆斯林群众民主选举产生了清真寺管理委员会，负责筹集和管理宗教基金，维修清真寺，举办各种公共性的宗教活动，决定聘任开学阿訇。修葺一新的清真寺不仅满足了穆斯林群众开展活动的需要，而且吸引了大批外宾前来参观会礼，合影留念。每逢穆斯林节日，市区党政领导都要到清真寺向回族兄弟祝贺节日。今天的清真寺已成为民族团结的象征和纽带。