史学界兴起了鲜卑学说，提出锡伯族是古代鲜卑人的后裔的观点。锡伯族与北朝拓跋鲜卑有相同的图腾——“鲜卑兽”（瑞兽），又称“鲜卑郭洛”。在锡伯族民间传说中说，锡伯族先民——鲜卑，古时南迁时，在鲜卑山（今大兴安岭）中迷失了方向，被困在山里。后来，有一种神兽在前引路乃得出山，才来到南方大泽（呼伦贝尔草原）。这种兽，状如虎而五爪，文如狸而色青，大如狗而迅走。锡伯族保留有供奉“鲜卑兽”（瑞兽）的习俗。将绘制的兽形图案，挂在住室西或北墙上，久而久之就成为锡伯族标志性图案。1956年包尔汉、冯家升发表论文认为鲜卑郭洛是一种瑞兽，相当于蒙语中的动物“驱”，即特殊的五爪虎。后来又有人说鲜卑郭洛是一种飞马。
在16世纪之前，锡伯族先民世世代代生活在松嫩平原和呼伦贝尔大草原上。18世纪中叶，清朝政府从盛京（沈阳）等地征调锡伯族官兵1018人，连同他们的家属共3275人，由满族官员率领，西迁新疆的伊犁地区进行屯垦戍边。这一年农历四月十八日，西迁新疆的锡伯人和留居东北的锡伯族男女老少，聚集于盛京的锡伯族家庙——太平寺，祭奠祖先，聚餐话别。第二天日清晨，锡伯族官兵及其家属，告别了家乡的父老乡亲，踏上了西迁的漫漫之路。经过一年零五个月的艰苦跋涉，到达新疆的伊犁地区。的察布查尔锡伯族自治县即他们当年的驻地，那里的锡伯人是他们的子孙。
根据吉林大学古DNA实验室（教育部人文社会科学重点研究基地，吉林大学边疆考古研究中心）周慧教授的古人遗骸线粒体古DNA研究，也证实现代锡伯族人群很可能是古代拓跋鲜卑的后裔。
按拓拔部是鲜卑诸部中非常复杂的一个部族，其人口组成不仅有原拓拔部本部之人，还有留居漠北的十万余户匈奴，以及被拓拔部征服掳掠来的秽秣人、诸多杂胡，并且在崛起的过程中吸纳了大量的肃慎人、扶余人，甚至高加索白种人，以至于在体貌上拓拔部更接近于白种人。由此可见，锡伯族的祖先很有可能是拓拔部中的原肃慎人，因为锡伯语和满语一样都属于古肃慎语（通古斯语系）。