除了维吾尔族的民居外，还有最具民族特色的维吾尔族建筑——伊斯兰建筑。而这种建筑在维吾尔族建筑中成就最大。伊斯兰教发源于阿拉伯，10世纪时从陆路传入到中国新疆，在维吾尔人中得到普及，维吾尔伊斯兰建筑主要包括礼拜寺和圣者陵墓，造型方式与汉族建筑有很大的不同。宰维吾尔的伊斯兰建筑中有几个最具典型性的建筑：喀什艾提卡尔大清真寺、吐鲁番额敏寺和喀什阿巴和加陵。
吐鲁番额敏寺
吐鲁番额敏寺建于清代初年，在城南郊一片开阔台地上。每年慕名而来的游客不计其数，全寺最引人注目的是紧贴寺的一角耸起的一座高大的砖塔，被称为额敏塔。这座塔呈圆形，高达44米、下大上小，全部用砖砌成，轮廓通体浑圆，非常朴素，塔顶有一座穹隆顶小亭，在简朴的塔身表面，十分精细地砌着凹凸有毁的砖花，呈环状分布，图案多达十余种，简练而自然。寺院正面立着高大门墙，构图与一般礼拜导相似，也是在正中间砌大龛周围砌小龛，只是上面的一排小龛透空，龛内的阴影和露出的外面的天空，给它增加了一点灵气。包括大塔和门墙在内，全寺都用同一种米黄色砖砌筑，十分朴素庄重。
喀什阿巴和加陵
阿巴和加陵的陵堂非常美丽，四围都是砖墙。平面中央的大空间为陵室，平面方形，四面砌着大尖拱、在拱背四角砌转角拱合成八角形，墙面在此弧转为剧彤，在圆筒形的鼓座上接建大穹顶，顶尖再加穹顶小亭。大穹顶四面各接出一个半穹顶，全部内部平面呈十字形。由于中央穹顶颇大，下面又以一段鼓座将其抬高，所以从各个角度看去都得以充分显现。门墙在南面中央，呈竖高矩形，高耸在四墙以上，又前突于南墙以外，形象突出，强调了入口。在门墙正中开人尖拱、构图与阿提卡尔大寺的寺门差不多，但左右各立有一根塔柱，柱形同于宣礼塔而很细。这样的门塔组合构图，在新疆各地礼拜寺寺门经常可见。