十九年（1714）至道光十八年又先后调任甘肃、湖南、直隶、固原、广西、四川等省提督。
道光七年（1827）二月，杨芳奉令随扬威将军长龄、参赞大臣杨遇春等率兵四万，平息回奠张格尔叛乱，生擒张格尔。道光帝大喜，下谕宣示中外，封他为三等果勇侯，赐紫缰，赏戴双眼孔雀翎，晋升为御前侍卫，加太子太保衔，像绘紫光阁。九年（1829），应召进京，道光帝召见20余次，晋封二等果勇侯、太子太缚，准许在紫禁城骑马。十年（1830），杨芳60寿辰，道光帝又亲自书写“酬庸锡羡”的匾额和“福寿”二字赐之。道光十三年（1833），杨芳在任四川提督期间，采取招抚与镇压兼施的手段，镇压了四川清溪、越西等地的彝族起义，被晋封为一等果勇侯。次年，因彝民再次起义，事态扩大，降为二等果勇侯，以总兵调甘肃后补。杨芳忧闷在胸，闲居府中，整理自己多年来所写诗词、笔记，并撰写《果勇侯自编年谱》和《平平录》，着重记述他40多年征战的经历。
道光二十年（1840）六月，中国近代史上发生第一次鸦片战争。次年正月，道光帝下诏对英宣战，命杨芳和户部尚书隆文为参赞大臣，调兵开赴广州，抗击英军。后因清庭腐败，签订丧权辱国不平等的《广州条约》，杨芳痛心疾首，仍留守广州，继续管理军务。六月，他骑马出城巡察营汛炮台，不慎失马闪挫，重病卧床。道光帝念他在广州不能静心养病，批准他回湖南提督任所治病。道光二十三年（1843），杨芳从湖南告老还乡，仍领全额薪俸。二十六年（1846），病逝于松桃圭屯家中，照提督例赐恤，并谥号勤勇。
双流清代刘沅编辑的族谱有他的《彭孺人墓志铭》《留别刘止唐》二文。
太子太傅果勇侯杨芳斗书虎字。