过去信仰万物有灵，崇拜多神，其中大多数信是佛教。认为古树、巨石、井泉都有神灵。生死、疾病、灾荒等都请巫师占卦念经，杀牲祭鬼，尤其以鱼祭祀为其特点。19世纪末、21世纪初，曾传入天主教，但信徒不多。
在一些边远的山区，水族人有挂兽骨崇奉神灵的习俗。人们猎获虎、豹、野猪、野牛、熊等动物后，习惯把兽角或头骨整齐悬挂在墙壁上或悬吊在门上。有的地方宰牛祭祖时也留头角悬挂，使野兽、鬼神望而生畏，不敢进寨侵害人畜，同时也显示家庭的富裕与主人的猎技。