赫哲族原信仰萨满教，相信万物有灵。其萨满有河神、独角龙、江神3派，各派约有6个品级。他们认为有多少种动物、爬虫就有多少种神，其中最受尊敬的是人面形天神。
赫哲族的宗教信仰是多神崇拜。他们崇拜萨满，崇拜祖先，崇拜图腾，崇拜自然界的一切神灵。相信“万物有灵”，世上天地、日月星辰等万物都有灵魂，皆由神来主宰。赫哲族人对众神大力祭祀，以求神的保佑。
20世纪初叶，赫哲族人信仰的原始宗教为萨满教。“萨满”是通古斯语，意为“发狂的人”，相传“萨满”跳神时，进入颠狂状态，方可施展法术，以此得名。萨满教作为一种文化现象，要赫哲族生活的各个方面都在发生作用，如祛除疫病、占卜预言、招魂求子、驱鬼消灾等等。因此，赫哲族人普遍信奉萨满教。萨满跳神均有神服有神帽、神衣、神裙、神手套和神鞋。萨满的神具有腰铃、神鼓、铜镜、鼓槌、神刀、神杖、龙头杖、神杆等。萨满没有什么特权，平时也要从事生产劳动。
赫哲族人相信灵魂，认为人有三个灵魂：第一个灵魂称“奥任”，所谓生命灵魂，人与动物皆有，人死后就离开了肉体；第二个灵魂称“哈尼”，所谓思想的灵魂，它能暂时离开肉体，如人在睡觉时，它能与别的灵魂发生关系；第三个灵魂称“法扬库”，即所谓转生的灵魂，人死后它即离开肉体，它有创造来生的能力。三个灵魂各有不同的作用：第一个灵魂，人死后就消灭了；第二个灵魂仍然存在，需要通过“撂挡子”仪式将其送入阴间(送魂)；第三个灵魂，可以转生新的人或动物。
赫哲族人崇拜祖先，他们深信祖先的灵魂不灭，并且对活着的人有佑护作用。他们称祖先三代为“别布玛”，每逢春节时，把祖先供在西屋的桌上。
天神是赫哲族人特别崇拜之神，供奉的天神很多。他们常将有特异形状或遭雷击的“神树”底部雕成人面形，也有的筑起小庙，在庙里供奉一木偶为天神，予以祭祀。赫哲族对火爱护备至，并且有多种禁忌，供奉火神爷爷“佛架玛玛”，并供有使用火的“都热马林”神。吉星神也是赫哲族信仰的，此神主清洁，人生了外科疾病据说是犯了吉星神。赫哲族人还崇拜风神“窝玛玛”、水神“穆克阿姆巴尼”和山神等，祈求诸神保佑人们外出狩猎或捕鱼时能风调，获取渔猎丰收。
宗教形式主要表现为祖先崇拜和自然崇拜。赫哲族先民认为，日月山川都有神灵主宰，因而崇拜。