哈萨克人的祖先，在对天、地、日、月、水、火等自然现象的观察中发展了它们之间相互资生、相互转化和相互克制的依存关系，从而演绎出了哈萨克医药学说中最重要的阿勒吐格尔学说(即六原素学说)。用这一学说解释宇宙万物及生命的起源和人体生理解剖、疾病的变化、转归，逐渐形成了自己独特的医药理论。六原学说是哈萨克医药理论的核心，指导哈萨克医药的一切理论和医事活动。阴阳学说是哈萨克医药基础理论的重要组成部分，贯穿哈萨克医药理论的各个方面，用来说明人体的组织结构、生理功能、疾病的发生、发展规律，药物的属性，饮食的属性，并指导临床诊断和治疗。
在治疗中，据以上事物及人体组织器官的阴阳归类，药物的来源、属性也分阴阳，进行对症下药，如长于干旱地的药物为阳，长于潮湿地的药物属阴；黄花的属阳，蓝花的属阴；红花的属阳，暗花的为阴；四季长青的为阳，春长冬缩的为阴等。
哈萨克医理论非常重视气候与人的关系，如果气候失去平衡，太过或不足，都会导致人体内十种物质的变化失调，造成疾病。
哈萨克医除了常用的药物疗法外，还有食疗、奶和奶制品、手法正骨、吾布拉(蒸薰洗治疗)、放血疗法、以毒攻毒治疗等等较为独特的治疗方法。