年降水量70～150毫米，沙漠内部绝大部 分为固定和半固定沙丘，其面积占整个沙漠面积97％，形成中国面积最大的固定、半固定沙漠。固定沙丘上植被覆盖度40～50％，半固定沙丘达15～25％，为优良的冬季牧场，沙漠内植物种类较丰富，可达百余种。植物区系成分处于中亚向亚洲中部荒漠的过渡。
沙漠的西部和中部以中亚荒漠植被区系的种类占优势，广泛分布以白梭梭、梭梭、苦艾蒿、白蒿、蛇麻黄、囊果苔草和多种短命植物等；沙漠西缘有甘家湖梭梭林自然保护区，为中国唯一以保护荒漠植被而建立的自然保护区面积上千公顷。
垦区农牧场呈带状分布在沙漠南缘。其中北塔山牧场，红旗、一○七、土墩子、一○二、一○三 、芳草湖、一○六、新湖等团场的耕地已延伸到沙漠内部。一○二团场、一○三团场是从自治区首府乌鲁木齐进入古尔班通古特沙漠腹地最近的通道。
绿色沙漠通道以五家渠为起点，东线从一○二团场17连出绿洲，西线经一○三团场14连进入沙漠，长约60千米，终点到准噶尔盆地的“罗布泊”东道海子、白家海子。这条通道上，绿洲与沙漠犬牙交错，形成独特的自然人文景观。一边是胡杨、梭梭、黄羊 ，古老的自然生态；一边是机耕、电井、喷灌，现代的绿洲文明。一边是沙丘绵延、万籁俱寂，生命罕至；一边是绿波万顷，欢歌笑语，生机盎然。
生命与死亡竞争，绿浪与黄沙交织，现代与原始并存，是观光考察自然生态与人工生态的理想之地 。有寸草不生、一望无际的沙海黄浪，有梭梭成林，红柳盛开的绿岛风光；有千变万化的海市蜃楼幻景， 有千奇百怪的风蚀地貌造型；有风和日丽、黄羊漫游、苍鹰低旋的静谧画面，有狂风大作、飞沙走石、昏天黑地的惊险场景。中午黄沙烫手，可以暖熟鸡蛋；夜晚寒气逼人像是进入冬天。沙漠探险，可从东 道海子继续北上，沿古驼道横穿古尔班通古特大沙漠腹地，直抵阿勒泰。
茫茫大漠绿洲不仅有各种奇观 异景，而且保留了大量珍贵的古“丝绸之路”文化遗迹。北庭都护府遗址(红旗农场南)、土墩子大清 真寺、烽火台、马桥故城、西泉冶炼遗址、一○三团场新渠城子遗址、一○五团场头道沟古城遗址等 都在这条通道附近。