东乡族信仰伊斯兰教。伊斯兰教不仅在东乡族的形成过程中起过重要的作用，而且对东乡族的历史发展、风俗习惯和文化生活，都具有很大的影响。
约在元末明初时，由哈木则率领的第一批40名传教士到达东乡地区。后来人们尊称他们为40个“舍亥古杜布”（即智者、哲人、贤人）。据说，哈木则精通阿拉伯文，持两种文字的经卷，足迹遍及东乡各地。哈木则选择了一个林密草茂的山梁定居，今称“哈木则岭”，并用本山的木材，在那里修建了第一座清真寺，称大礼拜寺。其余的一些传教士，在去河州路上的一个村庄里相聚后又分散到其他各地。此后，第二批传教士来到东乡地区，由阿俩塔率领，共8人，后人尊称八大“赛义德”（阿拉伯文音译，意为“主人”、“先生”、“首领”）。阿俩塔落居在高山乡布隆谷。这40名“舍亥古杜布”和8名“赛义德”除远走他乡传教外，有14人落居东乡，至今坟墓尚在，并留有后裔。约在明末清初，穆豪引吉尼来到东乡地区，曾落居在北岭乡大湾头地方。这些传教士的到来和礼拜寺的相继建立，为伊斯兰教在东乡地区的传播起了重要的作用。自清中叶以来，东乡地区也是西北伊斯兰教内部产生教派与门宦的主要地方之一。
在东乡族中，伊斯兰教通常分为三大派系，即老教、新教、新兴教（又称色勒夫，俗称三抬）。老教分为四大派系，即哲赫林也、虎菲也、库不稳也，嘎底林也。各大派系又分出若干小支系。西北地区习惯上把伊斯兰教的这种老教派派系称作“门宦”，“门宦”属于伊斯兰教中的神秘派，在国外称为“苏菲”（阿拉伯语），在我国新疆称为“依裨”（波斯语），在甘肃、宁夏、青海一带亦称为“门宦”。东乡族信奉老教（门宦）的人数最多。共有九个门宦。即胡门、白庄、华寺、大拱北、张门、穆尖提、沙沟、海门、风门等。新教（又称伊赫瓦尼）信徒分布也较广。新兴教（又称色勒夫，俗称三抬）是解放初期产生的，信徒较少。
各门宦都有自己的教主，又被称为“老人家”，教主的地位由创始人的嫡系世袭，有的门宦也有不世袭的，传给贤徒或教徒们举贤。
老教和新教各有自己的清真寺，教民只参加本教派清真寺的活动。新教（伊赫瓦尼）的教民一般都与本教派的教徒结婚。
老教有门宦，有拱北，有教主，新教没有门宦，没有拱北，也没有教主。老教的主麻日（礼拜五聚礼日）在任何清真寺都可以做，新教则认为非在中心地区的大寺不可。
老教阿訇在教民中进行宗教活动时，先念《古兰经》，尔后吃饭，也可以接受“哈吉牙”（教徒施舍的财钱）。新教阿訇念了经就不能吃饭，吃了饭就不能念经，并且不能接受“哈吉牙”。
新教对天课五拾勒，非提勒，则卡提（宗教规定的税捐）看得很重，老教注重念经、“哈吉牙”。新兴教（色勒夫，俗称三抬），礼拜时要抬手三次（老教、新教只抬一次），教徒留长发，而老教和新教均不留长发。