因为达斡尔族没有文字，只能靠口述来传承历史，清朝以前的历史已经无法考究。但是根据达斡尔族传说及达斡尔人与契丹人生产、生活、习俗、宗教、语言等方面的对比研究，史学家大多认为达斡尔族属辽代契丹的后裔，而也有部分学者认为达斡尔族是由当地土着先民发展而来。利用DNA技术的相关实验表明，契丹与达斡尔族有最近的遗传关系，为契丹人后裔。
达斡尔族传说
几百年前，一支契丹军队来到这里修边堡边堡是达斡尔特有的词汇，是指一种类似长城的建筑，从此便在此定居下来。这支军队的首领叫萨吉尔迪汉，就是达斡尔的祖先。
近代的争议
关于达斡尔族的来源，学术界曾有过争议。主要分歧意见可分为土着说与契丹遗裔说。
持土着说者认为，达斡尔人最初分布的黑龙江及精奇里江河谷，隋、唐时是室韦各部的分布地，当时已有一些部落向中原王朝通贡。以后辽、金、元各代都在这些地区行使管辖权，明代曾于达斡尔族在江北的旧居地带建立托木河、卜鲁丹河等卫所，故达斡尔族应是黑龙江以北土着民族的后裔，与隋、唐时室韦某些部落有很深的渊源。另一些人还根据达斡尔族关于其祖先曾建“黑水国”的传说，认为其族源和隋、唐黑水部某些部落有关。
持契丹遗裔说者主要是根据语言、历史传说及某些习俗与辽代契丹人有相同的特点，认为达斡尔族的祖先是契丹人的一支，于金灭辽时北迁至黑龙江以北，发展为达斡尔族。
DNA技术揭谜
专家们先在四川乐山取到了契丹女尸的腕骨；从内蒙古自治区赤峰取到了有墓志为证的契丹人牙齿、头骨；在云南保山、施甸等地采集到“本人”的血样；从内蒙古自治区莫力达瓦旗和其他几个旗和县提取到了达斡尔、鄂温克、蒙古族和汉族等人群的血样。在完成古标本的牙髓和骨髓中用硅法提取的线粒体DNA可变区比较后，他们终于得出了准确的结论：契丹与达斡尔族有最近的遗传关系，为契丹人后裔。